嫌疑人退还的赃款在扣押后的处理，需根据案件所处阶段及法律规定分情况讨论，具体如下：

1. 侦查阶段（公安机关处理）
   根据《刑事诉讼法》第141条，公安机关在侦查过程中查封、扣押的财物，若属于赃款赃物，应当随案移送至检察院。若赃款已退还且被扣押，公安机关需制作《扣押清单》，详细记录赃款金额、特征及保管情况，并在案件移送审查起诉时一并移交检察院。若赃款需返还被害人，公安机关会依据《公安机关办理刑事案件程序规定》第229条，在案件终结前经县级以上公安机关负责人批准后，制作《发还清单》返还被害人，并要求被害人签收确认。

2. 审查起诉阶段（检察院处理）
   检察院接收案件后，会审查赃款扣押的合法性及证据效力。若赃款确属被害人合法财产，检察院可依据《刑事诉讼法》第177条，在提起公诉时建议法院判决返还被害人；若赃款需作为证据使用，检察院会随案移送至法院，并在起诉书中注明赃款情况。若嫌疑人主动退赃且案件尚未判决，检察院可能根据《刑法》第64条，将赃款作为量刑情节考虑，如认定为“认罪认罚”或“积极退赃”，从而在量刑时从宽处理。

3. 审判阶段（法院处理）
   法院在判决时，会依据《刑法》第64条对赃款作出处理：若赃款属于被害人合法财产，法院会判决返还被害人；若赃款属于违法所得，法院会判决予以追缴，上缴国库。判决生效后，法院会制作《执行通知书》，通知公安机关或法院执行部门将赃款返还被害人或上缴国库。若赃款在扣押期间产生孳息（如利息），孳息也会一并处理，通常随赃款本金一并返还被害人或上缴国库。

4. 特殊情形处理

   • 赃款已部分返还被害人：若嫌疑人退还的赃款已部分返还被害人，剩余部分需继续作为证据或违法所得处理，公安机关需在《扣押清单》中注明返还情况。
     
   • 赃款与合法财产混同：若赃款与嫌疑人合法财产混同（如现金混放），公安机关需通过审计、鉴定等方式区分赃款与合法财产，确保仅扣押、处理赃款部分。
     
   • 赃款已灭失或损毁：若赃款因保管不善等原因灭失或损毁，公安机关需承担赔偿责任，并依据《国家赔偿法》相关规定向被害人或嫌疑人进行赔偿。

温馨提示：赃款处理需严格遵循法定程序，若您或您的亲友涉及此类问题，建议直接向我咨询，我会结合具体案情为您提供详细法律指导。