公司按照地区最低工资发加班费是不合法且不合理的。用人单位应严格按照法律规定支付员工加班工资，以保障劳动者的合法权益。以下是对这一问题的详细分析：

一、加班费的计算基数

1. 劳动合同约定优先：

   • 如果劳动合同中明确约定了工资数额，应以该工资作为加班费的计算基数。若劳动合同中的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应以各项工资的总和作为计发加班费的基数，而非单独某一项。

2. 实际工资为基数：

   • 在劳动合同没有明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以实际工资（包括直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等，但不含加班费、伙食补助和劳动保护补贴）作为加班费的计算基数。

3. 不低于最低工资标准：

   • 虽然确定加班费计算基数时不能低于当地当年的最低工资标准，但这并不意味着可以直接以最低工资标准作为加班费的发放标准。最低工资标准是保障劳动者在法定工作时间内提供正常劳动时应获得的最低劳动报酬，并非加班费的计算基准。

二、加班费的支付标准

• 根据《劳动法》及相关规定，加班费的支付标准如下：
  • 安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的150%的工资报酬；
  • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬；
  • 法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。

三、公司按最低工资发加班费的违法性

• 公司按照地区最低工资发放加班费，显然违反了上述加班费支付标准的规定。这种做法损害了劳动者的合法权益，因为加班费是基于劳动者实际提供的劳动时间和强度来计算的，而不是基于最低工资标准。

四、劳动者的权益维护

1. 协商沟通：

   • 如果劳动者认为用人单位支付的加班费计算基数不合理，首先应与用人单位协商沟通，要求按照正确的标准支付。

2. 投诉举报：

   • 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自身的合法权益。劳动监察部门将会对此类违法行为进行调查处理，确保劳动者的权益得到妥善保护。

五、举例说明

• 假设某员工的月工资为5000元，且劳动合同未对加班费计算基数另有约定。若公司按照当地最低工资标准2000元来计算该员工的加班费，这显然是不合法的。正确的做法应该是以该员工的正常出勤月工资5000元为基数来核算加班费。

总结与建议：

公司按照地区最低工资发加班费是不合法且不合理的。劳动者有权要求公司按照实际工资和法定的加班费支付标准来支付加班费。如果公司拒绝改正，劳动者可以通过协商沟通、投诉举报或申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。