关于国有建设用地使用权出让合同中约定逾期付款违约金日千分之一是否被法院支持的问题，这并非一个绝对肯定或否定的答案，而是需要结合具体情况进行综合分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：
合同自由原则与违约金约定：
- 根据合同法的相关原则（虽原合同法已废止，但相关原则在现行《中华人民共和国民法典》中得以延续），合同双方有权在合同中约定违约金条款，这是合同自由原则的体现。因此，从原则上讲，国有建设用地使用权出让合同中约定逾期付款违约金日千分之一是合法的，双方应受该约定的约束。
违约金过高的调整：
- 然而，法律也规定了违约金过高的调整机制。如果约定的违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。这里的“过分高于”通常指的是违约金数额超过实际损失的30%以上。因此，如果日千分之一的违约金被认定为过高，法院有权根据实际情况进行调整。
实际损失与违约金的关系：
- 在判断违约金是否过高时，法院会考虑实际损失的大小。如果出让方因受让方逾期付款而遭受的实际损失较小，而约定的违约金却过高，那么法院很可能会对违约金进行调整。反之，如果实际损失较大，且约定的违约金并未过分高于实际损失，那么法院可能会支持该约定。
司法实践中的考量因素：
- 在司法实践中，法院还会考虑其他因素，如合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益等。如果受让方逾期付款是由于不可抗力或出让方的原因导致的，那么法院可能会减轻或免除受让方的违约责任。此外，如果双方在合同中已经对违约金的调整机制进行了约定，法院也会尊重双方的约定。
具体案例与地区差异：
- 需要注意的是，不同地区的法院可能对违约金的调整标准存在差异。此外，具体案例中的事实情况也会影响法院的判决。因此，在判断日千分之一的违约金是否被法院支持时，还需要考虑具体案例和地区差异。
建议：
- 如果你作为出让方或受让方，在签订国有建设用地使用权出让合同时，应谨慎约定违约金条款，确保违约金数额合理且符合法律规定。
- 如果双方已经签订了合同并约定了违约金条款，但一方认为违约金过高或过低，可以在争议发生时及时寻求法律帮助，通过协商或诉讼等方式解决争议。
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
总结：国有建设用地使用权出让合同中约定逾期付款违约金日千分之一是否被法院支持，取决于多种因素的综合考量。如果你面临此类问题或有其他相关疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。