划拨土地改变容积率，一般不可以直接通过协议出让方式补缴出让金，但特定情形下经批准可协议出让并补缴。具体分析如下：

1. 划拨土地改变容积率的一般规定
   根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十条，以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按照国务院规定报有批准权的人民政府审批。准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。若改变容积率属于土地用途变更或规划条件调整的范畴，通常需先经规划部门批准，再通过公开出让程序（如招标、拍卖、挂牌）重新确定土地使用权人及出让金，而非直接协议出让。

2. 协议出让的例外情形
   根据《协议出让国有土地使用权规定》第三条及《招标拍卖挂牌出让国有建设用地使用权规定》第四条，协议出让仅适用于以下情形：

   • 供应工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等各类经营性用地以外用途的土地，且同一宗地只有一个意向用地者；
     
   • 原划拨、承租土地使用权人申请办理协议出让，经依法批准的（如国有企业改制、划拨土地使用权转让等）。
     若划拨土地改变容积率符合上述例外情形（如非经营性用途调整且经批准），可依法通过协议出让方式补缴出让金。

3. 补缴出让金的计算依据
   无论通过何种方式补缴，出让金均需按照《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十八条及地方性法规（如《北京市国有建设用地使用权出让合同》示范文本）确定，通常以改变容积率后土地的市场评估价与原划拨土地权益价的差额为基准。例如，若原容积率为1.0，调整为2.0后土地市场价上涨50%，则需补缴差额部分对应的出让金。

4. 实务操作建议

   • 步骤一：向规划部门申请调整容积率，取得《建设工程规划许可证》变更文件；
     
   • 步骤二：向自然资源主管部门提交协议出让申请，附规划变更文件、土地评估报告等材料；
     
   • 步骤三：经批准后，签订《国有建设用地使用权出让合同》，明确补缴出让金金额及支付方式；
     
   • 步骤四：完成出让金缴纳后，办理土地使用权变更登记。
     

风险提示：若未经批准擅自改变容积率，可能面临《城乡规划法》第六十四条规定的“限期改正、罚款”等处罚，且补缴出让金时可能被要求按最高标准执行。建议操作前务必确认符合协议出让条件，并委托专业机构进行土地价值评估。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及地方性政策差异。