您好，关于您外甥想当兵，但舅舅有案底是否会影响的问题，我可以给您详细解答。

首先，我们需要明确的是，征兵政治考核主要关注的是应征青年本人的政治思想表现，以及家庭成员、配偶的父母、未共同生活的兄弟姐妹等直系亲属的政治情况。对于旁系亲属，如舅舅、叔叔、姨妈等，如果他们不是应征青年的监护人或直接抚养人，不构成法律关系的话，一般是不在政治考核范围内的。

具体到您的情况，舅舅作为旁系亲属，如果他没有成为您外甥的监护人或直接抚养人，那么他的案底通常不会影响您外甥的参军政治考核。但是，如果舅舅的案底涉及到危害国家安全、组织参加非法组织等严重违法行为，且这些行为与您外甥有直接关联或影响，那么可能会在一定程度上影响考核结果，不过这种情况较为特殊且罕见。

另外，政治考核的最终结论是由政治考核组依据有关规定和实际情况综合确定的。他们会全面考虑应征青年的个人表现、家庭背景等多方面因素，做出公正、客观的判断。

因此，我建议您外甥可以正常报名参军，并在报名时如实填写家庭成员情况。如果政治考核过程中有任何疑问或需要进一步说明的情况，可以积极配合相关部门进行解释和说明。

最后，我想强调的是，参军是一件光荣而神圣的事情，希望您外甥能够顺利通过考核，实现自己的军旅梦想。如果还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。