指定招标代理机构是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、不合法的情况
违反法律强制规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》的相关规定，对于依法必须进行招标的项目，招标人有权自行选择招标代理机构，但任何单位和个人不得以任何方式为招标人指定招标代理机构。这意味着，如果地方政府部门或其他机构强制要求招标人委托特定的招标代理公司，将构成违法行为。
- 举例：某政府部门为扶持本地招标代理公司而强制要求所有招标项目必须由该公司代理，此类行为明显违反了法律规定。
存在利益输送与不正当竞争：
- 若指定招标代理公司的过程中存在利益输送、权钱交易等违法违规行为，或者这种指定限制了其他招标代理机构的公平竞争，同样是不合法的。
- 举例：招标人与某招标代理公司私下达成不正当协议，通过指定该公司以获取个人利益，这种行为不仅违反了法律，也损害了招标过程的公正性和透明度。
未按规定方式选择代理机构：
- 对于依法必须进行招标的项目，如果招标人未按照法律法规规定的公开招标、邀请招标等方式选择招标代理机构，而是直接指定，这也是不合法的。
二、合法的情况
招标人自主选择：
- 在非依法必须招标的项目中，招标人有权基于业务能力、信誉、过往业绩等因素，自主决定委托哪家招标代理公司进行招标工作。
- 举例：某招标人因之前与某招标代理公司合作愉快，决定在新的项目中继续委托该公司，这是完全合法的。
特殊项目的特殊要求：
- 对于某些专业性强、复杂度高的特殊项目，可能只有少数几家招标代理公司具备相应的专业能力和经验。在这种情况下，招标人经过严格筛选和评估后指定符合要求的代理公司，是合理且合法的。
- 举例：在高科技或特种行业的招标项目中，招标人为确保招标工作的顺利进行和项目质量，可能会指定具有丰富经验和专业人员的特定招标代理公司。
遵循法定程序：
- 即使是非依法必须招标的项目，招标人在指定招标代理机构时也应遵循相关法律法规和规定，确保整个过程的合法性和合规性。这包括但不限于对代理机构的资质审查、信誉评估、专业匹配等方面的考量，以及签订明确的委托协议，规定双方的权利义务、费用安排、保密条款和违约责任等。
三、法律建议
- 严格审查代理机构资质：在选择招标代理机构时，招标人应确保代理机构具备相应的资质等级和业务范围，这是招标活动合法有效的前提。
- 明确双方权利义务：在签订委托协议时，应详细约定双方的权利和义务，包括代理范围、工作内容、服务质量要求等，以避免后续纠纷。
- 加强监督与管理：招标人应对代理机构的招标活动进行监督，确保其按照法律法规和委托协议的要求进行操作。如发现违规行为，应及时要求代理机构整改并报告相关部门。
总结：指定招标代理机构的合法性取决于项目的性质、招标人的选择方式以及是否遵循了相关法律法规。在实际操作中，招标人应充分了解并遵守相关规定，以确保招标过程的公正、公平和合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。