结论：在商票到期拒付但工程还没结算的情况下，按建设工程施工合同主张工程款的诉讼时效，一般从工程款应付之日起计算，具体需结合合同约定及实际情况判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、诉讼时效的起算点
合同约定优先：
- 如果建设工程施工合同中明确约定了工程款的支付时间，那么诉讼时效一般从该约定支付时间届满之日起计算。例如，合同约定工程竣工后30日内支付工程款，那么诉讼时效就从竣工后第31日起算。
无约定或约定不明时的处理：
- 如果合同中没有约定工程款的支付时间，或者约定不明确，那么根据《民法典》及相关司法解释的规定，诉讼时效一般从工程实际交付之日或者工程价款结算之日起计算。在商票到期拒付但工程还没结算的情况下，如果工程已经实际交付，且双方对工程价款存在争议导致无法结算，那么诉讼时效可能从工程实际交付之日起算（但需注意，此时可能因工程价款未确定而存在时效中断或中止的情形）；如果工程尚未交付，则诉讼时效的起算点可能需待工程交付或双方就工程价款达成一致后确定。
商票拒付的影响：
- 商票到期拒付本身并不直接决定工程款诉讼时效的起算点。商票拒付可能构成工程款支付违约的一种情形，但诉讼时效的起算仍需依据工程款应付时间的确定。如果商票拒付导致工程款支付时间推迟（例如，双方约定商票兑付后支付工程款），则诉讼时效可能从商票实际应兑付而未兑付之日起算（但需结合合同具体约定判断）。
二、诉讼时效的中断与中止
诉讼时效中断：
- 在诉讼时效期间内，如果债权人（即工程款主张方）向债务人（即工程款支付方）提出履行请求，或者债务人同意履行义务，或者债权人提起诉讼或申请仲裁等，都可能导致诉讼时效中断。中断后，诉讼时效期间重新计算。
诉讼时效中止：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。在工程款纠纷中，如果因工程价款结算争议、商票兑付纠纷等导致债权人无法及时行使请求权，且该情形符合诉讼时效中止的条件，则诉讼时效可能中止。
三、实务建议
及时主张权利：
- 无论诉讼时效如何起算，债权人都应及时向债务人主张工程款，以避免诉讼时效过期导致权利无法得到保障。
保留证据：
- 债权人应保留好与工程款支付相关的所有证据，包括合同、结算单、商票、拒付通知等，以便在诉讼或仲裁中证明自己的主张。
咨询专业律师：
- 由于诉讼时效的计算涉及复杂的法律问题和事实认定，建议债权人在遇到相关问题时及时咨询专业律师，以便得到准确的法律指导和帮助。
总结：在商票到期拒付但工程还没结算的情况下，按建设工程施工合同主张工程款的诉讼时效一般从工程款应付之日起计算。具体起算点需结合合同约定及实际情况判断，并注意诉讼时效的中断与中止情形。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。