结论：在法院双方调解书上写明不追究对方的违章搭建后，一般情况下是不可以再追究的，但也存在例外情况。

分析说明：

1. 调解书的法律效力：

   • 法院调解书是双方当事人在法院主持下，通过协商达成的具有法律效力的文书。一旦双方签字确认，调解书即具有强制执行力，对双方均具有约束力。
   • 在调解书中明确放弃追究对方违章搭建的权利，意味着你已自愿放弃了通过法律途径追究对方责任的机会。

2. 一般情况下的不可再追究：

   • 既然调解书已经明确约定了不追究对方的违章搭建，那么在没有法定撤销或变更事由的情况下，你应当遵守调解书的约定，不得再就同一事项向对方主张权利。
   • 如果违反调解书的约定，对方有权向法院申请强制执行，要求你履行调解书中的义务。

3. 例外情况：

   • 调解书存在重大误解或显失公平：如果你在签订调解书时存在重大误解，或者调解书的内容显失公平（例如，对方违章搭建严重影响了你的居住安全，而调解书中却未对此进行合理补偿），那么你可以在法定期限内向法院申请撤销或变更调解书。
   • 对方未履行调解书义务：如果调解书中约定了对方应拆除违章搭建或进行其他补救措施，但对方未履行，你可以向法院申请强制执行，要求对方履行义务。但这种情况并不等同于直接追究对方的违章搭建责任，而是基于调解书的约定要求对方履行义务。
   • 新的事实出现：如果在调解书签订后，出现了新的事实（例如，违章搭建导致了新的损害后果），且这些新的事实在调解书签订时无法预见，那么你可以基于这些新的事实向法院提起诉讼，要求对方承担相应的法律责任。但这种情况较为特殊，需要具体分析新的事实与违章搭建之间的因果关系以及法律责任的承担问题。

行动建议：

• 遵守调解书约定：在没有法定撤销或变更事由的情况下，建议你遵守调解书的约定，不再就违章搭建问题向对方主张权利。
• 咨询专业意见：如果你认为调解书存在重大误解、显失公平或对方未履行义务等情况，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和救济途径。
• 关注新事实：如果在调解书签订后出现了新的事实，且这些新的事实可能与违章搭建有关，建议你及时收集证据并咨询律师，以便在必要时向法院提起诉讼。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。当事人应当履行调解书确定的义务，不得擅自变更或者解除调解书。
• 如果调解书存在法定撤销或变更事由，当事人可以向法院申请撤销或变更调解书。法院经审查认为符合法定条件的，将裁定撤销或变更调解书。