关于挂靠单位和被挂靠单位签订合同后的付款问题，首先需要明确的是，挂靠行为本身在法律上是被明确禁止的，因为它违反了《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规的强制性规定。因此，挂靠单位和被挂靠单位之间签订的挂靠合同是无效的，不受法律保护。
一、合同无效的法律后果
由于挂靠合同无效，双方基于该合同所约定的付款条款自然也不具有法律效力。这意味着，如果双方试图依据无效的合同来执行付款，可能会面临法律上的障碍和风险。
二、实际付款情况分析
如果工程已竣工验收合格：
- 在实际操作中，如果工程已经竣工并验收合格，且双方有实际履行合同的意愿和行为（尽管合同本身无效），法院可能会根据实际情况，支持挂靠人（实际施工人）要求被挂靠人（名义上的承包人）支付工程价款的请求。但这种支付并非基于无效的合同，而是基于实际施工的事实和公平原则。
- 付款方式可能包括直接支付给挂靠人，或者通过被挂靠人账户中转后支付给挂靠人，具体取决于双方的协商和法院的判决。
如果工程未验收合格或存在其他问题：
- 如果工程未验收合格，或者存在质量问题、拖欠材料款或农民工工资等问题，挂靠人要求被挂靠人支付工程价款的请求可能会被法院驳回。
- 在这种情况下，双方可能需要先解决工程质量和欠款等问题，然后再根据实际情况协商付款事宜。
三、法律风险与建议
法律风险：
- 挂靠行为可能导致被挂靠人面临行政处罚，如罚款、吊销资质证书等。
- 在民事责任方面，被挂靠人可能需要对挂靠人的经营活动对外承担连带责任，如因工程质量问题、拖欠材料款或农民工工资等引发的纠纷。
- 在某些情况下，如果挂靠人的行为构成犯罪，被挂靠人也可能因涉及共同犯罪或提供便利等而被追究刑事责任。
建议：
- 双方应严格遵守法律法规，避免通过挂靠方式开展业务合作。
- 如果确实需要合作，应通过合法途径进行，如成立合资公司、签订合法的分包合同等。
- 在合作过程中，应明确双方的权利义务，确保合同内容合法合规，并保留好相关证据以应对可能的法律纠纷。
综上所述，挂靠单位和被挂靠单位之间的付款问题因合同无效而变得复杂且充满法律风险。双方应遵守法律法规，通过合法途径开展业务合作，以避免不必要的法律风险和经济损失。