挂靠工程款的支付需严格遵循法律规定与合同约定，通常需通过被挂靠企业账户流转，并确保资金用途合法合规，具体支付方式及注意事项如下：

一、支付方式

1. 通过被挂靠企业账户支付
   根据《建筑法》及相关司法解释，挂靠行为本身违法，但工程款支付需通过被挂靠企业账户进行，以保障资金流转的合法性与可追溯性。被挂靠企业收到发包方支付的工程款后，扣除管理费、税费等费用后，应将剩余款项支付给挂靠人。支付时需留存转账记录、发票等凭证，避免现金交易。

2. 签订内部协议明确支付流程
   被挂靠企业与挂靠人可签订内部协议，约定工程款支付方式（如分期支付、按进度支付）、支付时间节点、扣款比例（如管理费、税费）等。协议需明确双方权利义务，避免因条款模糊引发纠纷。例如，可约定“工程款到账后5个工作日内，被挂靠企业扣除5%管理费及应缴税费后，将剩余款项支付至挂靠人指定账户”。

二、注意事项

1. 避免直接由发包方支付给挂靠人
   若发包方直接将工程款支付给挂靠人，可能被认定为“突破合同相对性”，导致被挂靠企业无法主张管理费，甚至面临行政处罚（如《建筑法》第六十六条规定的“责令改正，没收违法所得，并处罚款”）。因此，必须通过被挂靠企业账户流转资金。

2. 确保资金用途合法
   挂靠人收到款项后，需将资金用于工程实际支出（如材料采购、人工费用等），并保留相关凭证（如合同、发票、收据等）。若资金被挪作他用（如偿还个人债务），可能构成“抽逃资金”，被挂靠企业需承担连带责任。

3. 税务合规处理
   被挂靠企业需按税法规定代扣代缴挂靠人应缴纳的税费（如增值税、企业所得税等），并开具合法发票。挂靠人需配合提供完税证明，避免因税务问题导致工程款被冻结或追缴。

4. 防范法律风险

   • 合同效力问题：挂靠合同因违反法律强制性规定而无效，但工程款支付可参照合同约定处理。若双方未签订书面协议，需通过其他证据（如聊天记录、转账记录）证明实际合作关系。
     
   • 工程质量责任：若工程出现质量问题，发包方可能同时追究被挂靠企业与挂靠人的责任。因此，被挂靠企业需监督挂靠人施工，并留存质量验收记录。
     
   • 农民工工资问题：根据《保障农民工工资支付条例》，被挂靠企业需确保农民工工资专款专用。若挂靠人拖欠工资，被挂靠企业可能被要求先行垫付，再向挂靠人追偿。

三、纠纷解决建议

若因工程款支付发生纠纷，可按以下步骤处理：

1. 协商解决：双方核对账目，明确已支付金额、未支付金额及扣款明细，签订书面和解协议。
   
2. 行政投诉：向当地住建部门举报挂靠行为，要求协调支付工程款（但需注意，举报可能导致双方均受处罚）。
   
3. 诉讼仲裁：若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，要求被挂靠企业支付工程款及利息。诉讼时需提供工程合同、付款凭证、内部协议等证据。

如有具体案件细节（如合同条款、付款记录等），可进一步向我咨询，我将结合实际情况提供针对性建议。