若民间借贷案件中被告上诉后，二审阶段原告撤诉，案件将按以下规则处理：

1. 撤诉的法律效果
   根据《民事诉讼法》第148条，二审中原告申请撤诉经法院裁定准许的，一审判决自动生效。例如：若一审判决被告偿还本金及利息，原告撤诉后，被告需按一审判决履行义务，否则原告可申请强制执行。

2. 撤诉的实质条件
   法院需审查撤诉是否出于原告真实意愿，且不损害国家、社会公共利益或他人合法权益。若被告曾提交新证据或抗辩理由，法院可能要求原告说明撤诉原因，避免原告通过撤诉规避不利判决。

3. 被告的应对策略

   • 若同意撤诉：案件回归一审判决执行阶段，被告可主动与原告协商还款方案，或通过执行和解降低履行成本。
     
   • 若反对撤诉：需在庭审中提出异议，主张案件存在重大争议或原告撤诉可能损害被告权益（如诉讼时效中断、证据灭失风险等），但最终决定权在法院。
     
   • 若撤诉后反悔：原告需重新起诉，但需注意诉讼时效问题（民间借贷诉讼时效为3年，自约定还款日或催告后起算）。

4. 特殊情形提示
   若一审判决存在程序违法（如未依法送达、剥夺辩论权等），被告可依据《民事诉讼法》第177条申请再审，即使原告已撤诉，法院也可能裁定撤销原判、发回重审。

建议行动：被告应立即核对一审判决内容，评估履行能力与风险；若对撤诉有异议，需在收到撤诉裁定后10日内向法院提交书面意见；如需协商还款，建议通过书面协议明确金额、期限及违约责任，避免后续争议。如有复杂情况，可进一步提供细节，我会为您分析具体应对方案。