针对“公司员工严重违反公司规定，公司对其处罚是否合法有效”这一问题，结论前置如下：
- 若公司规章制度合法且处罚程序正当，则处罚可能合法有效。
- 若公司规章制度不合法或处罚程序不当，则处罚可能无效，甚至公司可能面临法律责任。
详细分析如下：
一、公司规章制度的合法性是处罚合法有效的前提
- 内容合法：公司规章制度必须符合国家法律法规的规定，不得与现行法律相抵触。例如，规章制度中不得设定罚款作为处罚方式（除非符合特定条件，如经济损失赔偿且金额合理），因为罚款是行政处罚的一种，仅由国家特定的行政机关依法实施，企业并非行政机关，因此不具备罚款权。但公司可以依据合法有效的规章制度，对违反规定的员工采取其他经济处罚措施，如扣除奖金、绩效等，且需确保合理性和合法性。
- 程序合法：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司规章制度在制定、修改或决定涉及劳动者切身利益的重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。这是确保规章制度合法性的重要程序。
二、处罚程序的正当性同样关键
- 调查核实：公司在对员工进行处罚前，应立即展开调查，收集相关证据，如书面材料、视听资料、证人证言等，确保事实清楚、证据确凿。
- 与员工沟通：给予员工陈述和申辩的机会，了解其对事件的看法和解释，确保处罚决定的公正性和合理性。
- 通知工会：如公司设有工会，应在作出处罚决定前通知工会，并听取其意见，这是保障员工权益的重要环节。
三、不同处罚方式的合法性分析
- 轻微违规：对于初次或情节轻微的违规行为，公司可以采取口头警告或书面警告的方式，并记录在案。这些方式通常不会引发法律争议。
- 中度违规：对于中度违规行为，公司可以考虑采取降职、调岗或扣除奖金、绩效等经济处罚措施。但需注意，经济处罚应具合理性，与员工的违规行为相对应，且罚款金额（如涉及经济损失赔偿）需在合理范围内（如不超过当月工资的20%）。
- 严重违规：对于严重违反公司规章制度的行为，公司有权解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但需证明行为达到“严重违反”程度，且程序合法。例如，员工多次旷工、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害等情形。
四、可能面临的法律风险及应对
- 劳动争议：若员工对处罚决定不服，可能引发劳动争议。公司应积极应对，提供充分证据证明处罚决定的合法性和合理性。
- 赔偿责任：若处罚行为被认定为违法解除劳动合同或其他违法行为，公司可能需承担支付赔偿金等法律责任。因此，公司在作出处罚决定前应谨慎操作，确保有充分的事实和法律依据。
举例说明：
假设某公司员工张某多次在工作时间玩手机游戏，严重影响工作效率。公司在收集了监控录像等证据后，根据公司关于工作纪律的规定，先对张某进行了口头警告。但张某并未改正，公司随后发出书面警告。然而，张某仍然我行我素，公司最终依据规章制度与张某解除了劳动合同。在此案例中，公司的处罚程序合法且正当，因此处罚决定是合法有效的。
总结与建议：
公司在处理员工违规行为时，应综合考虑违规行为的严重程度、公司规章制度以及相关法律法规的规定，确保处理措施的合法性、合理性和合规性。同时，公司也应加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和职业素养，以减少违规行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。