面对宅基地上开设的小型加工厂扰民的问题，这确实是一个需要妥善处理以维护自身合法权益的情况。以下是我为您详细梳理的解决步骤和建议：
一、尝试友好沟通协商
首先，我建议您尝试与加工厂的负责人进行友好沟通。直接而诚恳地向其说明加工厂的生产活动，如噪音、异味等，已经对您的日常生活造成了困扰。您可以提出一些具体的改进建议，比如调整生产时间，避免在居民休息时间进行高噪音作业，或者安装一些污染处理设备来减少对环境的影响。很多时候，通过诚恳的交流，加工厂负责人会意识到问题并主动作出调整。
二、向基层组织寻求帮助
如果沟通协商没有取得预期的效果，您可以向所在的村委会或居委会反映情况。这些基层组织在邻里纠纷调解方面具有一定的职责和能力，他们可以介入调查，并组织双方进行协商调解，以促使问题得到解决。如果您的宅基地位于有物业管理的区域，您也可以向物业投诉，物业有义务维护小区的正常秩序和居民的生活环境。
三、向相关部门进行投诉
环保部门：如果加工厂的生产活动产生了环境污染问题，如噪声、废气、废水等，您可以向当地的环保部门进行投诉。环保部门有权对污染源进行监测和查处，并要求加工厂整改至符合环保标准。在投诉时，提供一些相关证据，如噪声录音、异味描述、污染照片等，将有助于环保部门更好地了解情况。
工商部门：宅基地主要用于居住，如果加工厂在此办厂可能违反了工商登记规定。您可以向工商部门反映，核实该加工厂是否有合法的营业执照以及经营场所是否符合规定。如果存在违规经营的情况，工商部门可以依法进行查处，并责令其整改或停止经营。
城管部门：如果加工厂在生产过程中存在乱搭建、破坏环境卫生等行为，您可以向城管部门进行投诉。城管部门负责监管城市管理方面的违法行为，并可以依法进行处理。
四、考虑法律途径
如果上述方法都无法解决问题，您可以考虑向人民法院提起民事诉讼。要求加工厂停止侵权行为，并对因其扰民行为给您造成的损失，如精神损害、经济损失等，进行赔偿。在诉讼过程中，您需要准备充分的证据来支持自己的主张，如视听资料、证人证言、鉴定报告等。
另外，如果您向相关部门投诉后，部门未依法履行职责，您还可以向上一级主管部门申请行政复议，要求对不作为进行纠正；或者直接向法院提起行政诉讼，督促相关部门依法行使职权。
五、注意事项
在处理此类问题时，我建议您务必保持冷静和理性，避免加剧矛盾。同时，确保您的诉求合理且符合法律法规，以便更好地维护自己的权益。如果您觉得自己无法单独应对或需要更专业的法律帮助，可以咨询律师或寻求法律援助机构的支持。
综上所述，面对宅基地上开设的小型加工厂扰民的问题，您有多种途径可以维护自己的合法权益。在处理过程中，注重证据的收集和保留，确保诉求的合理性，并依法依规进行维权。希望这些建议能对您有所帮助。