确认劳动关系的仲裁申请确实受到时效限制，但存在特殊情况。以下是对这一问题的详细解释：
一、一般时效规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年。这一时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，当劳动者明确知晓用人单位否定双方存在劳动关系，或其权益因劳动关系问题受到损害时，即开始计算时效。
二、时效的中断与中止
时效中断：在时效期间内，如果发生以下情形之一，仲裁时效会中断，并从中断时起重新计算：
- 一方当事人通过协商、申请调解、向有关部门投诉等方式向对方当事人主张权利；
- 一方当事人向有关部门请求权利救济；
- 对方当事人同意履行义务。
时效中止：如果因不可抗力（如自然灾害、政府行为等）或有其他正当理由（如劳动者因重病无法行使权利），当事人不能在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，仲裁时效会中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
三、特殊情形下的时效处理
- 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生的争议：劳动者申请仲裁不受一年时效期间的限制。但如果是要确认劳动关系而非解决劳动报酬问题，一般不适用此条规定。不过，也有观点认为，确认劳动关系是解决其他劳动争议的前提，且《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第一条并未将确认劳动关系的争议排除在适用仲裁时效的范围之外，实践中确认劳动关系一般也不受时效限制。但为了避免争议，建议劳动者在知道或应当知道其权益被侵害之日起一年内及时提出申请。
- 劳动关系终止后：劳动者应当自劳动关系终止之日起一年内提出仲裁申请，以确认劳动关系或解决其他相关争议。
四、超过时效的后果
如果超过了仲裁时效期间，仲裁委员会可能会不予受理或驳回劳动者的申请。因此，劳动者应及时行使自己的权利，以免错过维权时机。
五、实务建议
- 及时申请仲裁：劳动者在知道或应当知道其权益被侵害后，应尽快向劳动仲裁机构申请仲裁，以避免超过时效期间。
- 准备充分证据：在申请仲裁时，劳动者应准备充分的证据材料，如工资支付凭证、工作证、考勤记录等，以支持其主张。
- 咨询专业律师：虽然我在这里为你提供了详细的法律解释，但每个案件的具体情况都有所不同。如果你在申请仲裁过程中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供有针对性的法律建议。
综上所述，确认劳动关系的仲裁申请在一般情况下受到一年时效的限制，但存在特殊情况。劳动者在维护自己权益时，应充分了解并遵守相关的时效规定，以确保自己的合法权益得到有效保护。