有纠纷的农村自建房一般不可以直接依法过户登记。具体分析如下：

1. 过户登记的基本条件：

   • 根据《民法典》及相关不动产登记法规，房屋过户登记需满足产权清晰、无争议等基本条件。若农村自建房存在纠纷，如产权归属不明、存在继承争议、共有权人意见不一致或涉及法律诉讼等，则不符合过户登记的基本要求。

2. 纠纷对过户登记的影响：

   • 纠纷的存在意味着房屋的产权状态不明确，不动产登记机构在办理过户登记时，会严格审查房屋的产权状况。若发现存在纠纷，登记机构通常会拒绝办理过户登记，以避免引发新的法律问题或承担不必要的法律责任。

3. 解决纠纷的途径：

   • 若农村自建房存在纠纷，当事人应首先通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决纠纷，明确房屋的产权归属。只有在纠纷得到妥善解决，且房屋产权清晰无争议后，方可依法办理过户登记手续。

4. 特殊情况下的过户登记：

   • 在某些特殊情况下，如纠纷双方达成书面协议并经过公证，或法院出具了生效的法律文书确认房屋的产权归属，且该法律文书符合不动产登记机构的要求，那么即使房屋原本存在纠纷，也可能在满足一定条件下办理过户登记。但这种情况较为特殊，且需满足严格的法律条件。