在确权时发现房屋面积超标，翻建时登记需分情况处理，具体如下：

1. 若超标部分属于合法建筑范畴：

   • 合法性确认：首先需确认超标部分是否因历史原因、政策变动或测量误差等导致，且该部分建筑符合当地城乡规划、土地管理等相关法律法规的允许范围。例如，某些地区对农村宅基地上的房屋翻建有明确的面积限制，但若超标部分是在政策允许的误差范围内，或因家庭人口增加等合理原因经相关部门批准扩建的，则可能被视为合法。
   • 登记流程：在翻建时，应携带原房屋权属证书、翻建申请、规划许可文件（如建设工程规划许可证）、土地使用证明等相关材料，向当地不动产登记机构申请变更登记。登记机构会审核材料的真实性和合法性，若确认超标部分合法，则会在新证书中注明翻建后的总面积，包括原合法面积和超标但合法的面积。

2. 若超标部分属于违法建筑范畴：

   • 违法性认定：若超标部分未经规划、土地等部门批准，擅自扩建或改建，违反了相关法律法规，则属于违法建筑。违法建筑在翻建时，通常无法直接进行合法登记。
   • 处理方式：
     • 整改：在翻建前，需先向相关部门报告，并按照要求拆除违法建筑部分，或申请补办相关审批手续（如规划许可、土地使用变更等），使超标部分合法化。
     • 登记限制：若违法建筑部分未得到整改或合法化处理，则在翻建时，不动产登记机构可能只会对原合法部分进行登记，超标部分不予登记，或要求在登记证书中注明违法建筑情况，并可能面临后续的处罚或强制拆除风险。

额外建议：

• 提前咨询：在翻建前，建议提前向当地规划、土地、不动产登记等部门咨询相关政策和流程，确保翻建行为合法合规。
• 保留证据：保留好原房屋权属证书、翻建申请、规划许可文件等相关材料，以备登记时使用。
• 合规翻建：在翻建过程中，严格遵守相关法律法规和规划要求，避免再次出现超标或违法建筑情况。

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