针对您提出的“违法确权登记可以直接起诉吗还是先向行政机关申请赔偿”这一问题，我的结论是：这取决于您想要解决的具体问题以及所适用的法律规定，一般而言，您既可以选择直接起诉，也可以先向行政机关申请赔偿，但具体路径需结合实际情况判断。以下是我从不同角度为您进行的分析：
一、直接起诉的路径
行政诉讼：
- 如果您认为行政机关的确权登记行为违法，侵犯了您的合法权益，您可以直接向人民法院提起行政诉讼，要求撤销或变更该确权登记行为。
- 在行政诉讼中，您需要证明行政机关的行为违法，以及该行为对您造成了损害。如果法院认定行政机关的行为确实违法，且您因此受到了损害，法院可能会判决撤销或变更该确权登记行为，并可能要求行政机关承担相应的赔偿责任（但赔偿部分通常需另行提起赔偿诉讼或在行政诉讼中一并主张，具体取决于法院的裁判习惯和案件具体情况）。
民事诉讼（如涉及财产权益）：
- 如果违法确权登记行为导致了您的财产权益受损，且该损害与行政机关的违法行为有直接因果关系，您也可以在民事诉讼中主张赔偿。
- 但需要注意的是，在民事诉讼中，您通常需要先证明行政机关的行为违法（这可能需要通过行政诉讼或其他方式确认），然后再证明该违法行为与您的损害之间的因果关系。
二、先向行政机关申请赔偿的路径
行政赔偿申请：
- 根据《中华人民共和国国家赔偿法》的规定，如果您认为行政机关及其工作人员在行使行政职权时有侵犯您人身权、财产权的情形，且造成了损害，您可以先向赔偿义务机关（即作出违法确权登记行为的行政机关）提出赔偿申请。
- 赔偿义务机关应当在收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。如果赔偿义务机关决定赔偿，您与赔偿义务机关之间就赔偿事项达成协议后，赔偿义务机关应当按照协议履行赔偿义务。
- 如果赔偿义务机关在规定期限内未作出赔偿决定，或者您对赔偿决定有异议，您可以向人民法院提起行政赔偿诉讼。
行政复议与行政赔偿的结合：
- 在某些情况下，您也可以先向作出违法确权登记行为的行政机关的上一级行政机关申请行政复议，同时在行政复议申请中一并提出行政赔偿请求。
- 行政复议机关在审查行政复议申请时，会一并审查行政赔偿请求，并作出相应的复议决定。如果复议决定支持了您的行政赔偿请求，行政机关应当按照复议决定履行赔偿义务。
三、综合建议
- 评估证据与情况：在决定采取哪种路径之前，建议您先评估自己手中的证据以及案件的具体情况。如果您有充分的证据证明行政机关的行为违法，且该行为对您造成了明显的损害，直接起诉可能是一个更快捷的方式。
- 考虑效率与成本：直接起诉可能需要更长的时间和更高的成本（如诉讼费、律师费等），而先向行政机关申请赔偿则可能相对更快捷且成本较低。但需要注意的是，如果行政机关拒绝赔偿或赔偿金额不满意，您仍然需要提起诉讼来维护自己的权益。
- 咨询专业律师：由于每个案件的具体情况都不同，且法律程序复杂多变，因此建议您在做出决定之前咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况和需求，为您提供更具体、更专业的法律建议。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。