毕业生就业协议一般不需要将两份都发给公司，通常是一式三份或四份，毕业生、公司、学校各执一份，若为四份则还有一份用于办理相关手续，具体份数和分发情况需根据协议约定和实际情况来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、就业协议的基本性质和目的

就业协议，也称为三方协议，是毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中签订的协议。它主要用于明确三方在毕业生就业过程中的权利和义务，是毕业生就业流程中的重要法律文件。

二、就业协议的份数和分发

1. 份数：就业协议的份数可能因学校、地区或用人单位的要求而有所不同。一般来说，就业协议是一式三份或四份。三份的情况下，通常毕业生、用人单位和学校各执一份；四份的情况下，则可能多出一份用于办理相关手续，如报到证等。

2. 分发：

   • 毕业生：保留一份作为个人就业的证明和后续办理相关手续的依据。
   • 用人单位：保留一份作为录用毕业生的依据，并用于办理后续的人事手续。
   • 学校：保留一份用于统计毕业生就业情况，并作为办理毕业生派遣等手续的依据。
   • 额外份数（如存在）：可能用于办理报到证、户口迁移等相关手续。

三、特殊情况下的处理

1. 如果就业协议明确约定了两份都发给公司：在这种情况下，毕业生应按照协议约定执行。但通常这种约定较为少见，因为学校也需要保留一份协议以办理相关手续。

2. 如果公司要求两份协议：毕业生可以与公司沟通，了解公司的具体需求和原因。如果公司确实需要两份协议，并且毕业生也同意，那么可以按照公司的要求执行。但建议毕业生在签署前仔细阅读协议条款，确保自己的权益不受损害。

四、法律建议

1. 仔细阅读协议条款：在签署就业协议前，毕业生应仔细阅读协议条款，了解自己的权利和义务，以及公司的责任和义务。

2. 咨询学校或相关部门：如果对就业协议的份数和分发有疑问，毕业生可以咨询学校就业指导中心或相关部门，以获取更准确的信息和指导。

3. 保留好个人协议：无论就业协议是几份，毕业生都应保留好自己的那一份，以备后续办理相关手续或解决纠纷时使用。

在处理就业协议相关问题时，如果毕业生有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。