结论：做三期鉴定时，一般情况下可以和保险公司协商选择鉴定机构，但存在特殊情形限制，有明确的法律依据。

协商选择鉴定机构的一般情况及依据

在涉及保险理赔的三期鉴定（误工期、护理期、营养期鉴定）中，从尊重当事人意思自治以及提高纠纷解决效率等角度出发，被保险人和保险公司通常是可以协商选择鉴定机构的。

依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十二条规定，当事人申请鉴定应当由双方当事人协商确定具备相应资格的鉴定人；协商不成的，由人民法院指定。在保险理赔场景下，虽然还未进入诉讼程序，但这一规定所体现的精神同样适用，即双方有协商选择鉴定机构的权利和可能性。通过协商选择鉴定机构，双方能够基于对鉴定机构专业水平、信誉等方面的了解，达成一致意见，这样选出的鉴定机构更容易让双方都信服，也有利于后续理赔工作的顺利开展。

特殊情形及处理方式

然而，也存在一些特殊情况不能完全由双方协商确定鉴定机构。例如，当双方对于鉴定机构的选择无法达成一致意见时，就不能仅仅依据协商来确定了。此时，如果进入诉讼程序，根据上述法律规定，将由人民法院指定鉴定机构；如果还未进入诉讼程序，双方也可以共同委托当地的司法鉴定管理部门，由其根据相关规定和程序指定合适的鉴定机构。

另外，如果一方认为另一方协商选择的鉴定机构存在可能影响鉴定公正性的情形，比如与对方存在利益关联等，也可以提出异议，此时可能需要重新协商或者通过其他合法途径确定鉴定机构，以确保鉴定结果的公正性和权威性。

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