您好，关于员工离职申请补偿金及赔偿金的流程，这确实是一个涉及劳动法规定和具体操作细节的问题。下面我将结合劳动法相关规定和实际案例，为您详细解答。
一、离职补偿金的适用情况
首先，我们需要明确哪些情况下员工离职可以申请补偿金。根据《劳动合同法》的相关规定，主要分为以下几种情况：
协商解除：如果用人单位和劳动者协商一致解除劳动合同，且由劳动者先提出，那么用人单位通常不用支付经济补偿。但如果劳动者因用人单位存在违法行为（如未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等）而提出解除劳动合同，用人单位则需要支付经济补偿金。
劳动者单方解除：在用人单位存在违法行为的情况下，劳动者可以单方解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金。这些违法行为包括但不限于未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等。
用人单位单方解除：用人单位在特定情况下（如劳动者过失性解除或非过失性解除）可以单方解除劳动合同。在非过失性解除的情况下，用人单位需要支付经济补偿金。
二、离职补偿金的计算方式
离职补偿金的计算通常基于劳动者在劳动合同解除或终止前12个月的平均工资（S）和工作年限（N）。具体计算公式如下：
通用经济补偿金公式：S×N。其中，N按劳动者在本单位工作年限计算，每满1年支付1个月工资的标准；6个月以上不满1年的，按1年计算；不满6个月的，支付半个月工资的经济补偿。
代通知金经济补偿金公式：S×N+S(上)×1。这适用于用人单位需要提前30日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后解除劳动合同的情况。
违法解除赔偿金公式：S×2N。如果用人单位违反劳动合同法规定解除或终止劳动合同，需要按照通用经济补偿标准的2倍向劳动者支付赔偿金。
三、离职申请补偿金及赔偿金的流程
提交离职申请：员工应首先向用人单位提交书面离职申请，明确离职日期和离职原因。如果离职原因涉及用人单位的违法行为，应在申请中详细说明。
用人单位审核：用人单位在收到离职申请后，应进行审核。如果离职申请符合法定情形（如用人单位存在违法行为），用人单位应同意离职并计算应支付的经济补偿金。
办理离职手续：双方协商一致后，应办理离职手续，包括工作交接、薪资结算等。在此过程中，用人单位应确保经济补偿金的支付。
争议解决：如果双方在离职补偿金问题上存在争议，员工可以向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请。仲裁委员会将根据相关法律法规和双方提供的证据进行裁决。
四、实际案例参考
以您提供的案例为例，李某因A公司未及时足额支付工资而提交离职申请，并明确离职原因。之后，A公司虽以李某严重违反公司规章制度为由单方解除劳动合同，但仲裁委认为李某的离职行为早于A公司的解除行为，且A公司确实存在未及时足额支付工资的客观事实。因此，仲裁委裁决A公司向李某支付拖欠的工资及解除劳动合同的经济补偿。
这个案例充分说明了在离职补偿金问题上，法律是倾向于保护劳动者权益的。只要劳动者能够证明用人单位存在违法行为，就有权要求用人单位支付经济补偿金。
五、建议
保留证据：员工在提交离职申请时，应保留好相关证据（如离职申请书、用人单位违法行为的相关证据等），以便在争议发生时能够证明自己的主张。
咨询专业人士：如果员工对离职补偿金问题存在疑问或不确定如何操作，可以咨询劳动法律专业人士或当地劳动争议仲裁委员会的工作人员。
理性维权：在离职补偿金问题上，员工应保持理性态度，通过合法途径维护自己的权益。避免采取过激行为或非法手段来解决问题。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。