核心结论：合作伙伴已回本盈利中途退出，需根据合作协议约定、退出原因及各方协商情况综合处理，具体可从以下角度分析：

1. 优先审查合作协议条款

• 退出机制：若协议中明确约定了中途退出的条件（如提前通知期限、违约金、利润分配截止时间等），应按协议执行。例如，若约定“退出方需提前30天书面通知，且退出后不再享有后续利润”，则退出方无权主张退出后的盈利。
• 违约责任：若退出方违反协议约定（如未履行通知义务、擅自撤资），需承担违约责任，可能包括赔偿守约方损失、支付违约金等。
• 利润分配：若协议未明确退出时的利润分配规则，需结合实际贡献、投资期限等因素协商或诉讼解决。

2. 无协议或协议不明确时的处理

• 法定权利义务：根据《民法典》合同编，合伙人退出需经全体合伙人同意（除非另有约定），否则可能构成违约。若退出导致合作无法继续，守约方可要求退出方赔偿损失（如预期利润损失）。
• 实际贡献评估：若退出方在回本后仍参与经营或提供资源，可能需根据其实际贡献比例分配退出时的利润；若仅投资未参与经营，可能仅能收回投资本金及合理回报（如银行同期利息）。

3. 退出后的合作关系处理

• 清算与结算：若合作终止，需对资产、负债进行清算，按出资比例或约定分配剩余财产。若退出方要求提前结算，需协商或通过审计确定其应得份额。
• 竞业限制：若退出方从事与原合作竞争的业务，可能违反《反不正当竞争法》或协议中的竞业限制条款，需承担相应责任。

4. 实务建议

• 协商优先：通过书面协议明确退出条件、利润分配及违约责任，避免纠纷。
• 证据保留：保存合作期间的财务记录、会议纪要、沟通记录等，以备争议时举证。
• 法律程序：若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁（需有仲裁条款），要求确认退出效力、分配利润或赔偿损失。

示例场景：
若A与B合作开店，协议约定“合作期5年，中途退出需支付剩余合作期预期利润的50%作为违约金”。若B在第3年盈利后退出，A可要求B支付2年预期利润的50%作为赔偿，同时按实际经营情况分配已实现利润。

如有具体协议条款或纠纷细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的分析。