结论：在合伙纠纷案中，若法院因未进行合伙清算而判决仅返还部分投资款，您仍有多种途径可以尝试以维护自身权益，包括申请再审、协商解决、自行清算或提起诉讼清算等。
法律分析：
申请再审的可能性：
- 如果您认为法院的判决存在错误，特别是关于合伙清算的部分，您可以考虑在法定期限内向上一级法院申请再审。在申请再审时，您需要提供充分的证据证明合伙清算的必要性以及法院未进行清算可能导致的错误判决。
协商解决：
- 尽管法院已经作出判决，但您仍可以与其他合伙人进行协商，尝试达成一个双方都能接受的清算和分配方案。协商解决可以节省时间和成本，并有助于维护合伙人之间的关系。
自行清算：
- 如果协商无果，您可以考虑自行组织清算。自行清算需要全面清理和核算合伙期间的资产、负债等，并制作清算报告。在清算过程中，您可能需要聘请专业机构或人员来协助，以确保清算的准确性和公正性。清算完成后，您可以根据清算结果与其他合伙人进行分配，并可能通过法律途径要求返还剩余的投资款。
提起诉讼清算：
- 如果自行清算也无法达成一致，您可以向法院提起诉讼，请求对合伙进行清算。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明合伙清算的必要性，并可能面临其他合伙人的反驳和抗辩。法院将根据双方提供的证据和法律规定作出判决，并根据清算结果处理返还问题。
实际操作建议：
- 收集证据：在尝试任何途径之前，您需要收集并整理所有与合伙纠纷相关的证据，包括合伙协议、投资凭证、账目记录等。这些证据将有助于您证明自己的权益和合伙清算的必要性。
- 咨询专业人士：在处理合伙纠纷时，咨询专业律师或会计师的意见是非常重要的。他们可以提供专业的法律或财务建议，帮助您更好地维护自己的权益。
- 保持冷静和理性：合伙纠纷往往涉及复杂的法律和财务问题，容易引发情绪化的反应。然而，保持冷静和理性是解决问题的关键。您需要客观分析问题，寻求合理的解决方案，并避免采取过激或违法的行为。
可能的法律后果：
- 如果您选择申请再审并成功，法院可能会撤销原判决并重新审理案件，这可能导致您获得更全面的返还或赔偿。
- 如果您选择协商解决或自行清算，并成功达成一致意见，那么您可以避免进一步的法律纠纷和成本，并可能更快地获得返还的投资款。
- 如果您选择提起诉讼清算，那么您需要承担诉讼费用和时间成本，并可能面临其他合伙人的反驳和抗辩。然而，如果法院最终支持您的请求，您将获得法律上的保障和返还的投资款。
综上所述，面对合伙纠纷案中法院因未进行合伙清算而判决仅返还部分投资款的情况，您有多种途径可以尝试以维护自身权益。在处理此类纠纷时，请务必保持冷静和理性，并咨询专业人士的意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。