村干部因资金流失3900元，需根据具体情况从民事赔偿、行政处罚、刑事责任三个角度处理，具体分析如下：

1. 民事赔偿角度
   若资金流失因村干部个人过失（如保管不善、操作失误）导致，其需承担民事赔偿责任。根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应承担侵权责任。村干部需向村集体全额赔偿3900元，赔偿方式可通过协商或民事诉讼解决。若村集体有明确财务制度（如资金保管责任人制度），可依据制度直接追责；若无制度，需通过村民会议或村委会决议确定赔偿方案。

2. 行政处罚角度
   若资金流失涉及村干部违反行政法规（如《村民委员会组织法》第30条规定的财务公开义务），乡镇政府可责令改正、通报批评，或建议罢免相关责任人。例如，若村干部未按规定公开资金使用情况导致流失，乡镇政府可启动调查程序，要求其限期整改并公开账目；若拒不整改，可提请村民会议罢免其职务。此外，若村干部存在挪用、侵占等行为但未达刑事标准，可依据《治安管理处罚法》第49条处以5-15日拘留及罚款。

3. 刑事责任角度
   若资金流失系村干部故意侵占、挪用或贪污所致，可能构成刑事犯罪。根据《刑法》第271条（职务侵占罪）、第272条（挪用资金罪）及第382条（贪污罪），需结合资金性质、数额及行为性质判断：

   • 若资金属村集体所有且村干部利用职务便利侵占，数额达6万元以上才构成职务侵占罪（3900元未达标准，但若多次侵占可累计）；
     
   • 若资金属村民上缴的专项费用（如水电费）且村干部挪用超3个月未还，可能构成挪用资金罪（但3900元通常未达立案标准）；
     
   • 若村干部属国家工作人员（如兼任乡镇干部），利用职务便利侵吞资金，可能构成贪污罪（3900元未达贪污罪立案标准，但若存在其他情节可能被追责）。
     即使未达刑事标准，若行为涉嫌违法，公安机关仍可依据《治安管理处罚法》处理。

建议行动步骤：

1. 村集体应立即固定证据（如账目记录、资金流向凭证、证人证言）；
   
2. 召开村民会议或村委会会议，决定是否启动内部追责程序（如要求赔偿、通报批评）；
   
3. 若怀疑存在违法行为，向乡镇政府或纪检监察部门举报，由其介入调查；
   
4. 若损失无法追回，可考虑通过民事诉讼起诉村干部要求赔偿。
   

注意事项：

• 处理过程中需区分“个人过失”与“故意违法”，前者以赔偿为主，后者需追究行政或刑事责任；
  
• 村集体应完善财务制度，明确资金保管、审批、公开流程，避免类似问题再次发生。
  

如有进一步细节（如资金性质、村干部身份、流失原因等），可提供更多信息以便更精准分析。