关于违规在耕地上种树的处罚问题，这确实是一个需要细致解答的疑问，因为它涉及到土地管理、农业保护以及法律法规等多个方面。以下是我为您提供的详细解答：
一、违法性判断
首先，我们需要明确在耕地上种树是否违法。这主要取决于土地的类型、种植的目的以及是否经过了合法的审批。
永久基本农田：根据《中华人民共和国土地管理法》及《基本农田保护条例》，永久基本农田是受到严格保护的，禁止占用其发展林果业。因此，在永久基本农田上未经批准种树是违法的。
一般耕地：虽然对于一般耕地上的种树行为，具体的处罚性规定可能因地区而异，但国家严格控制耕地转为其他农用地。未经批准在一般耕地上大规模种树，可能违反耕地保护原则，从而构成违法。
二、处罚措施
对于违规在耕地上种树的行为，根据违法情节的严重程度，可能会面临以下处罚：
责令限期改正：相关部门会要求违法者在规定期限内移除树木，恢复耕地原状。这是最常见的处罚措施，旨在纠正违法行为，保护耕地资源。
行政处罚：如果违法者拒不改正，可能会面临罚款等行政处罚。罚款的具体金额会根据当地法规和实际情况来确定，旨在通过经济手段惩罚违法行为。
刑事责任：在严重的情况下，如造成基本农田大量毁坏，数量较大，可能触犯《刑法》中的非法占用农用地罪。这将导致违法者面临有期徒刑、拘役以及罚金等刑事处罚。
民事赔偿：如果违规种树行为导致他人损失，如影响邻居农作物生长或破坏他人土地使用权，违法者还需承担民事赔偿责任。
三、合法种树的情况
当然，也存在一些合法在耕地上种树的情况：
经过政府批准：如果因农业产业结构调整、生态环境保护等特殊需要，在耕地上种树前已获得政府相关部门的批准，并办理了合法手续，则该行为是合法的。
因地制宜种树：在林地或一般耕地上，根据当地自然条件和生态环境需求，适当栽种树木以防范风沙、保持水土等，也是被允许的。但种植过程中不得破坏耕地的耕作层，也不得影响粮食生产。
四、建议与指导
为了避免不必要的法律风险，我建议您在决定是否在耕地上种树前，务必查清土地的具体类型和用途，确保符合相关法律法规和政策要求。如果需要改变耕地用途进行种树，应提前向相关部门申请并获得合法的用地审批手续。同时，积极响应国家关于耕地保护和粮食生产的政策号召，确保耕地的农业用途不被非法改变。
综上所述，违规在耕地上种树可能会面临多种处罚措施，包括责令限期改正、行政处罚、刑事责任以及民事赔偿等。因此，在决定种树前，请务必了解清楚相关法律法规和政策要求，确保行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请咨询当地政府部门或专业律师。