员工通过仲裁主动解除劳动关系时的赔偿问题，这确实是一个涉及劳动法的重要议题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、员工申请仲裁解除劳动关系的常见情形
员工在以下特定情况下，有权向劳动仲裁委员会申请解除劳动关系，并通过仲裁程序来寻求合法权益的保护：
公司存在违法行为：
- 未及时足额支付劳动报酬：如果公司长期拖欠工资或未支付加班工资等，员工可以依据《劳动合同法》第三十八条申请仲裁，要求解除劳动关系并获得经济补偿。
- 未依法缴纳社会保险费：公司未按规定为员工缴纳社保，员工同样有权申请仲裁，要求补缴社保并获取相应的经济补偿。
- 规章制度违法损害劳动者权益：如公司规章制度中含有不合理罚款、剥夺休息权利等条款，员工可以据此申请仲裁解除劳动关系。
劳动合同订立时的客观情况发生重大变化：
- 根据《劳动合同法》第四十条，如果劳动合同因客观情况变化（如公司搬迁、业务调整等）无法继续履行，且双方未能就变更劳动合同内容达成协议，员工可以申请仲裁解除劳动关系。
二、赔偿的具体内容
当员工通过仲裁成功解除劳动关系时，可能获得的赔偿包括：
经济补偿：
- 根据员工在公司的工作年限和月工资水平，公司可能需要支付经济补偿金。具体标准通常为每工作一年支付一个月工资，不满半年的支付半个月工资，满半年不满一年的支付一个月工资。但需注意，如果员工因公司违法行为而主动解除劳动关系，经济补偿的计算可能不受此限制，具体依据当地劳动法规和仲裁裁决。
工资差额和加班费：
- 如果公司未足额支付工资或加班费，员工在仲裁中可以要求公司补足差额。
社保补缴：
- 如果公司未依法为员工缴纳社保，员工可以要求公司补缴社保费用。
三、申请仲裁的流程
准备材料：
- 包括仲裁申请书（详细列明申请人、被申请人信息，仲裁请求，事实及理由）、证据材料（如劳动合同、工资条、考勤记录、社保缴纳证明等）以及身份证明。
提交申请：
- 向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交上述材料。仲裁委员会将在规定时间内决定是否受理。
仲裁审理：
- 受理后，仲裁委员会将安排庭审，双方需举证、质证并进行辩论。仲裁庭将依据事实和法律作出裁决。
四、建议与注意事项
充分了解法律规定：
- 在申请仲裁前，员工应充分了解相关劳动法规，确保自己的请求有法律依据。
准备充分证据：
- 证据是仲裁成功的关键。员工应尽可能收集并保存与劳动关系、公司违法行为相关的证据材料。
考虑和解可能性：
- 在仲裁过程中，双方也可以考虑和解。和解可以避免仲裁程序的繁琐和不确定性，同时也有助于维护双方的关系。
寻求专业帮助：
- 如果员工对仲裁流程或法律规定不熟悉，可以寻求律师或专业劳动法律咨询机构的帮助。
综上所述，员工通过仲裁主动解除劳动关系时的赔偿问题涉及多个方面，包括赔偿的具体内容、申请仲裁的流程以及建议与注意事项等。希望这些信息能对您有所帮助。如果您有任何进一步的问题或需要更具体的建议，请随时咨询。