结论前置：劳务公司从农民工工资中直接扣除管理费是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若双方有明确约定且约定合法：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者可以就劳动报酬、工作条件等事项进行协商，并达成书面协议。若农民工与劳务公司在劳动合同或相关协议中明确约定了管理费的扣除方式、比例及用途，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么劳务公司按照约定扣除管理费是合法的。
   • 建议：农民工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和管理费扣除的部分，确保自己的权益不受侵害。若对合同条款有疑问，应及时向劳务公司或法律专业人士咨询。

2. 若双方无明确约定或约定违法：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”若劳务公司未经农民工同意，擅自从其工资中扣除管理费，或者约定的管理费扣除方式、比例违反法律法规的强制性规定，那么劳务公司的行为是违法的。
   • 可能后果：农民工有权向劳务公司提出异议，并要求其补发被扣除的工资。若劳务公司拒绝补发，农民工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
   • 建议：农民工在遇到工资被无故扣除的情况时，应保留好相关证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以便在维权时提供有力支持。同时，应及时向劳务公司表达自己的诉求，并寻求法律帮助。

进一步思考：

• 农民工在签订劳动合同时，应特别注意合同中关于工资支付和管理费扣除的条款，确保自己的权益得到充分保障。
• 若劳务公司提出扣除管理费的要求，农民工应要求劳务公司出具相关的法律法规依据或合同条款依据，以判断其合法性。
• 在维权过程中，农民工可以寻求工会、法律援助机构或律师的帮助，以提高维权的效率和成功率。

总结：劳务公司从农民工工资中直接扣除管理费是否合法，取决于双方是否有明确约定且约定是否合法。农民工在遇到此类情况时，应仔细审查合同条款，保留好相关证据，并及时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。