关于自动申请离职时年假如何计算的问题，核心结论需结合具体情况分析，以下是分情况说明：
- 年假未休完的情况
根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十二条，用人单位与职工解除或终止劳动合同时，若职工当年应休未休的年假，应按职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（其中包含正常工作期间的工资收入，即额外支付200%）。
关键点：
- 计算基数为职工前12个月平均工资（不含加班费）；
- 若职工主动离职，用人单位仍需支付未休年假工资，但需扣除已支付的正常工资部分（即实际额外支付200%）；
- 若用人单位已安排休假，职工因个人原因书面放弃休假，则无需支付补偿。
- 年假已休完或超出应休天数的情况
- 若职工已休完当年全部年假，离职时无需额外处理；
- 若职工实际休假天数超过应休天数，用人单位可根据规章制度要求返还多休天数对应的工资，或按事假处理（需提前在劳动合同或规章制度中明确约定）。
- 特殊情形：跨年度休假安排
若用人单位因生产、工作特点需跨年度安排年假，需经职工同意并书面确认。若职工离职时存在跨年度未休年假，仍按上述规则计算补偿，但用人单位需证明已与职工协商一致。
建议行动：
- 核对劳动合同、公司规章制度中关于年假的约定；
- 整理入职时间、当年应休年假天数、已休天数等证据；
- 与用人单位协商补偿方案，若协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
如有具体数据或合同条款需要分析，可直接提供细节，我会进一步为您计算补偿金额或制定协商策略。