建筑公司与项目部签订的内部承包协议中，风险承担问题需根据具体情况分析，但总体原则是：风险承担应依据协议约定、法律规定及双方过错程度综合判定。以下从不同角度详细分析：
一、协议约定明确时的风险承担
风险分配条款有效：
- 若内部承包协议中明确约定了风险承担方式，如工程质量风险、安全风险、债务风险等，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人利益，那么双方应按照协议约定承担风险。
- 例子：协议中约定，因承包方原因导致的工程质量问题，由承包方承担全部修复费用及因此给发包方造成的损失。若实际发生工程质量问题，且确属承包方原因，则承包方需按约定承担风险。
约定不明时的补充协议或交易习惯：
- 若协议对风险承担约定不明，双方可协商补充协议明确风险承担方式。若无法达成补充协议，则可根据交易习惯或行业惯例来确定风险承担。
二、协议无效或部分无效时的风险承担
违反法律法规强制性规定：
- 若内部承包协议违反法律、行政法规的强制性规定，如建筑工程领域必须由具有相应资质的企业承包的规定，协议将被认定为无效。协议无效后，双方需根据过错程度承担相应的风险。
- 例子：建筑公司将工程以内部承包名义发包给不具备资质的外部个人，该协议因违反法律法规强制性规定而无效。若因此导致工程质量问题或安全事故，双方需根据过错程度承担责任。
以合法形式掩盖非法目的：
- 若内部承包协议是以合法形式掩盖非法目的，如逃避债务、偷逃税款等，该协议也将被认定为无效。协议无效后，双方不仅需承担民事责任，还可能面临行政处罚或刑事责任。
三、特定风险类型下的承担原则
工程质量与安全风险：
- 在建筑施工等行业，工程质量与安全是核心风险。若因承包方原因导致工程质量问题或安全事故，承包方需承担主要责任。但若发包方在工程管理、监督等方面存在过错，也需承担相应责任。
债务风险：
- 承包方以企业名义对外签订合同产生的债务，若协议对债务承担约定不明确，企业可能需承担连带责任。但若能证明第三方知道或应当知道承包方超越权限，则企业可免除责任。
- 例子：承包方以企业名义对外采购材料，但未获得企业授权或超越授权范围。若材料供应商知道或应当知道承包方超越权限，则企业无需承担该债务。
劳动人事风险：
- 内部承包协议可能涉及承包方与企业之间的劳动关系认定问题。若协议内容不清或双方权利义务界定不明，可能导致劳动争议。在劳动争议中，双方需根据实际情况承担相应责任。
四、风险防范建议
明确协议条款：
- 建筑公司在与项目部签订内部承包协议时，应明确约定风险承担方式、双方权利义务、违约责任等条款，确保协议内容合法、有效、明确。
加强工程管理：
- 建筑公司应加强对项目部的工程管理、监督和指导，确保工程质量、安全和进度符合要求。同时，应建立健全的财务管理制度，防止承包方设立小金库、虚报成本等行为。
谨慎选择承包方：
- 建筑公司在选择承包方时，应谨慎评估其资质、信誉和经营能力。避免将工程发包给不具备资质或信誉不佳的承包方，以降低风险。
及时咨询专业律师：
- 在签订和执行内部承包协议过程中，若遇到法律问题或纠纷，建筑公司应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
总结来说，建筑公司与项目部签订的内部承包协议中风险承担问题需根据协议约定、法律规定及双方过错程度综合判定。为降低风险，建筑公司应明确协议条款、加强工程管理、谨慎选择承包方，并在遇到法律问题时及时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。