施工合同未备案但已实际履行，其生效情况需分情况讨论：

1. 一般情况：合同生效

   • 法律基础：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同自成立时生效，除非法律另有规定或当事人另有约定。施工合同作为民事合同的一种，只要合同双方当事人具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该合同自成立时就具有法律效力。
   • 备案性质：施工合同备案是建设行政主管部门的一项管理措施，旨在规范建筑市场秩序，加强对工程建设的监督管理。然而，这一备案要求并不构成合同生效的法定条件。因此，即使施工合同未备案，也不影响合同在当事人之间的法律效力。
   • 司法实践：在司法实践中，法院通常不会以施工合同未备案为由认定合同无效。只要合同符合民事法律行为有效的条件，即使未进行备案，也不会影响合同的效力。

2. 特别约定：合同可能不生效

   • 特别条款：如果施工合同中包含了特别约定，例如“必须备案才生效”这样的条款，那么合同的生效就应当遵循这一约定。在这种情况下，备案成为了合同生效的必要条件。
   • 未备案后果：若合同中明确约定了备案为生效条件，而实际未进行备案，则根据该特别约定，合同将不生效。此时，双方当事人可能无法依据该合同主张权利或履行义务。

法律建议：

• 审查合同条款：在签订施工合同时，应仔细审查合同中的生效条件条款，确保合同生效条件明确且合法。
• 完成备案手续：尽管备案不是合同生效的法定条件，但完成备案手续可以避免可能的行政风险和法律纠纷。因此，建议当事人在签订施工合同后，按照相关规定及时完成备案手续。
• 咨询专业律师：若对施工合同的生效条件或备案手续存在疑问，建议咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。

可能面临的法律后果：

• 行政风险：未备案的施工合同可能会面临建设行政主管部门的责令改正等处罚。
• 合同纠纷：若合同中明确约定了备案为生效条件而未备案，可能导致合同不生效，进而引发合同纠纷。

综上所述，施工合同未备案但已实际履行时，其生效情况需根据合同中的具体约定来判断。在一般情况下，合同是生效的；但若合同中明确约定了备案为生效条件，则未备案可能导致合同不生效。因此，在签订施工合同时，应仔细审查合同条款并咨询专业律师的意见。