合同未生效但已实际履行的情况下，法院会根据实际履行情况、当事人行为及合同目的等因素进行综合认定，具体分为以下两种情况：
1. 实际履行主要义务且对方接受的，合同视为生效
根据《中华人民共和国民法典》及相关司法实践，若一方已实际履行合同的主要义务（如交付货物、支付款项、提供服务等），且对方明确接受或通过行为表示认可（如签收货物、使用服务、接收款项等），法院通常会认定合同已通过实际履行的方式成立并生效。此时，合同虽未满足形式生效要件（如未办理批准手续），但实际履行行为已弥补了形式缺陷，合同效力得到补正。
举例说明：
A公司与B公司签订设备采购合同，但未办理政府审批手续（合同约定需审批生效）。合同签订后，A公司按约定交付设备，B公司签收并支付货款。后双方因质量问题发生纠纷，A公司主张合同未生效。法院审理认为，B公司已实际接受设备并付款，视为对合同效力的认可，合同已通过实际履行生效，A公司需承担质量责任。
2. 实际履行非主要义务或对方未接受的，合同仍不生效
若实际履行的是合同次要义务（如提供部分资料、进行前期准备等），或对方明确拒绝接受履行（如拒收货物、退还款项等），法院会认定合同未生效。此时，实际履行行为仅能证明双方有履行意愿，但不足以补正合同生效要件，合同仍按未生效处理。
举例说明：
C公司与D公司签订技术合作合同，约定需经科技部门批准后生效。合同签订后，C公司仅向D公司发送了部分技术资料，但未提交正式审批申请。D公司收到资料后未使用，并书面通知C公司“合同未生效，暂停履行”。后C公司起诉要求D公司支付技术使用费。法院审理认为，C公司未履行合同主要义务（如提交完整技术方案、配合审批等），且D公司未接受履行，合同未生效，驳回C公司诉求。
法律建议与风险提示
合同未生效时，谨慎履行主要义务：
若合同因未办理批准、登记等手续未生效，建议双方先完成手续再履行主要义务。若已实际履行，需保留对方接受履行的证据（如签收单、付款记录、沟通记录等），以备纠纷时证明合同效力。
对方未接受履行时，及时止损：
若发现对方拒绝接受履行或合同生效要件无法满足，应立即停止履行，避免扩大损失。可通过书面通知对方“合同未生效，暂停履行”，并保留通知证据。
纠纷解决途径：
若因合同未生效但实际履行产生纠纷，可先协商补办手续或变更合同；协商不成，可起诉要求确认合同效力或赔偿损失。法院会根据实际履行情况、双方过错程度等因素综合判决。
总结：合同未生效但已实际履行时，法院会重点审查实际履行的是否为“主要义务”及对方是否“接受”。若满足条件，合同视为生效；否则仍不生效。建议签订合同时明确生效要件，履行过程中保留证据，以降低法律风险。如有具体案件，可进一步向我咨询。