工作三个月辞职，一般情况下用人单位是不应该扣钱的，但具体是否扣钱需根据劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要劳动者提供了正常劳动，用人单位就应当按照约定的工资标准支付工资，不得以任何理由克扣。
- 劳动者在辞职时，用人单位应当一次性付清其已工作期间的全部工资，不得延迟或扣发。
试用期规定：
- 如果劳动者在试用期内辞职，且用人单位没有提供专项培训费用或签订服务期协议，那么劳动者只需提前三日通知用人单位即可解除劳动合同，无需承担违约责任，用人单位也不得扣发工资。
二、公司规章制度与劳动合同
规章制度：
- 用人单位的规章制度必须合法合规，不能违反法律法规的强制性规定。如果公司的规章制度中规定了未满一定工作期限离职需要扣钱，但该规定违反了法律法规，那么该规定是无效的，用人单位不得据此扣发工资。
劳动合同：
- 劳动合同是双方协商一致的产物，其中关于工资、工作时间、离职条件等条款应当明确且合法。如果劳动合同中约定了未满三个月离职需要扣钱，但该约定违反了法律法规的强制性规定（如试用期内的辞职规定），那么该约定也是无效的。
三、特殊情况
服务期协议：
- 如果用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并签订了服务期协议，约定劳动者在服务期内离职需要支付违约金或赔偿损失，那么在这种情况下，劳动者可能需要按照协议约定支付一定的费用。但这一费用并非工资，且需遵循法定限额和程序。
经济损失赔偿：
- 如果劳动者未提前通知用人单位就擅自离职，且因此给用人单位造成了经济损失，那么用人单位有权要求劳动者赔偿。但这一要求必须基于劳动合同中的明确约定，并且用人单位需要提供确实的证据来证明损失的存在及其金额。同时，从劳动者工资中扣除的赔偿部分不得超过其当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
四、法律建议
审查劳动合同和规章制度：
- 在辞职前，劳动者应仔细审查劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于离职和工资支付的规定，确保自己的权益不受侵害。
与用人单位协商：
- 如果劳动者对工资支付有疑问或担忧，可以与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：
- 如果用人单位违法扣发工资或拒绝支付应得工资，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时可寻求法律援助或聘请律师代理诉讼。
总结来说，工作三个月辞职，用人单位一般不得扣发工资。但劳动者也需注意劳动合同和公司规章制度中的相关规定，以及可能存在的特殊情况。如有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。