公司年终奖分两次发，在符合相关法律法规、劳动合同或单位规章制度的前提下，是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规层面
- 合法性依据：根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这表明，法律并未对年终奖的发放方式（包括次数、时间等）做出强制性规定。因此，公司选择分两次发放年终奖，并不违反法律法规。
二、劳动合同与规章制度层面
有明确约定或规定的情况：
- 合法性：若公司与员工签订的劳动合同、集体合同或公司规章制度中明确规定了年终奖分两次发放的具体条件、时间和比例，且公司实际执行时严格遵循这些约定，则此种发放方式是合法有效的。
- 实例说明：例如，劳动合同中约定年终奖分两次发放，首次在年度结束后1个月内发放60%，剩余40%根据次年上半年绩效表现于6月发放。若公司依约执行，即属合法。
无明确约定或未按规定执行的情况：
- 可能引发争议：若公司未在相关合同或规章制度中明确规定年终奖的分次发放，或虽有规定但未按其执行，这可能引发员工与公司之间的争议。
- 员工权益保护：在此情况下，员工有权要求公司按照合理、公平的方式发放年终奖。若因公司随意变更发放方式导致员工权益受损，员工可通过法律途径维权，比如申请劳动仲裁。
三、综合建议与注意事项
- 遵循原则：虽然法律对年终奖的发放方式无强制规定，但公司在制定相关政策时应遵循公平、公正、合理的原则，确保不损害员工的合法权益。例如，分两次发放年终奖时，应确保发放比例、时间等合理，避免对员工造成不必要的困扰。
- 劳动合同与规章制度的重要性：明确劳动合同或规章制度中关于年终奖发放的规定，对于避免潜在的劳动争议至关重要。公司应在制定相关政策时，充分征求员工意见，确保政策的合理性和可接受性。
- 员工权益保护：若公司在年终奖发放方面存在克扣、无故拖欠等违法行为，员工有权依法申请劳动仲裁或提起诉讼以维护自身权益。同时，员工也应了解自己的权益，并在必要时积极维权。
总结来说，公司年终奖分两次发放，在符合法律法规、劳动合同或单位规章制度的前提下，是完全合法的。公司在制定年终奖政策时，应确保政策的合理性、公平性和透明度，以避免不必要的劳动争议。同时，员工也应了解自己的权益，并在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。