在乡镇企业违法修建厂房并发生生产安全事故的情况下，主要追究的责任部门可能涉及多个方面，具体取决于违法行为的性质和事故的具体情况。以下是从不同角度进行的分析：
乡镇企业自身责任：
- 乡镇企业作为厂房的建设和使用主体，若其违法修建厂房（如未取得建设许可、违反建筑安全标准等），则首先应承担直接责任。这包括民事赔偿责任（对事故受害者进行赔偿）和可能的行政责任（如罚款、停产整顿等）。
- 若违法行为构成犯罪（如重大责任事故罪），则企业相关责任人员还可能面临刑事责任。
建设行政主管部门责任：
- 建设行政主管部门负责建筑市场的监管，包括建设许可的发放、建筑安全的监督等。若乡镇企业违法修建厂房，而建设行政主管部门未能及时发现并制止，则可能因监管不力而承担行政责任。
- 在事故发生后，建设行政主管部门还需参与事故调查，并根据调查结果采取相应的行政措施。
安全生产监督管理部门责任：
- 安全生产监督管理部门负责生产安全的监管，包括对企业安全生产条件的审查、安全生产的监督检查等。若乡镇企业存在安全生产违法行为（如未设置安全设施、未进行安全培训等），而安全生产监督管理部门未能及时发现并纠正，则可能因监管缺失而承担责任。
- 在事故发生后，安全生产监督管理部门将牵头进行事故调查，查明事故原因，提出处理建议，并监督事故处理的执行。
其他相关部门责任：
- 根据事故的具体情况，还可能涉及其他相关部门的责任。例如，若厂房建设涉及土地使用违法，则国土资源部门可能需承担责任；若厂房建设违反环保要求，则环保部门可能需承担责任。
法律背景与建议：
- 在处理此类事故时，应首先明确各部门的职责范围，以便准确追究责任。
- 乡镇企业应严格遵守相关法律法规，确保厂房建设的合法性和安全性。同时，应加强安全生产管理，防止事故发生。
- 各部门应加强协作与沟通，形成监管合力，共同维护建筑市场和生产安全秩序。
可能的法律后果：
- 对于乡镇企业而言，可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
- 对于监管部门而言，若因监管不力或缺失而承担责任，可能面临行政处分或法律追究。
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