结论：劳动合同遗失后补签新版本劳动合同，并声明原合同原件作废，这一行为本身并不直接违法，但关键在于补签过程是否遵循了法定程序，以及新合同的内容是否合法、双方意思表示是否真实。
分析说明：
合同补签的合法性：
- 劳动合同的补签，本质上是对原劳动关系的一种确认或重新约定。在原合同遗失的情况下，双方通过补签新合同来明确各自的权利和义务，这一行为本身并不违反法律规定。
- 关键在于补签过程是否遵循了《劳动合同法》等相关法律法规的规定，如是否采用了书面形式、是否包含了劳动合同必备条款等。
原合同原件作废的声明：
- 声明原合同原件作废，可以视为双方对原合同效力的一种否定，并同意以新合同为准。这种声明在双方意思表示真实、一致的情况下，是具有法律效力的。
- 但需要注意的是，如果原合同中存在某些特殊条款（如保密协议、竞业限制等），这些条款的效力可能不受新合同声明的影响，除非新合同中明确对这些条款进行了修改或废止。
新合同内容的合法性：
- 新合同的内容必须符合《劳动合同法》等相关法律法规的规定，不得包含违法、违规的条款。
- 例如，新合同中不得约定免除用人单位的法定责任、排除劳动者的权利等违法内容。
双方意思表示的真实性：
- 补签新合同必须基于双方的真实意思表示，不得存在欺诈、胁迫等情形。
- 如果一方在补签过程中存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了新合同，那么该新合同可能因存在欺诈、胁迫等情形而被撤销或认定无效。
行动建议：
- 审查补签过程：确保补签过程遵循了法定程序，如采用了书面形式、包含了劳动合同必备条款等。
- 核对新合同内容：仔细核对新合同的内容，确保其符合法律法规的规定，不包含违法、违规的条款。
- 确认双方意思表示：确保补签新合同是基于双方的真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 保留相关证据：在补签新合同的过程中，建议保留好相关证据（如补签合同的书面记录、双方沟通的记录等），以备不时之需。
法律后果：
- 如果补签过程合法、新合同内容合法且双方意思表示真实，那么新合同将具有法律效力，原合同原件的作废声明也将产生法律效力。
- 如果补签过程存在违法情形、新合同内容违法或双方意思表示不真实，那么新合同可能面临被撤销或认定无效的风险，同时原合同原件的作废声明也可能因此失去法律效力。
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