结论：在交通事故中，若对方不是车主，起诉要求赔付上下班交通费是否合法，需根据具体情况判断。一般来说，如果上下班交通费属于因事故导致的合理且必要的替代性交通工具费用，且符合相关法律规定，那么起诉要求赔付是合法的。

分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条：“机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人赔偿。”
   • 在交通事故中，如果因对方责任导致你的车辆无法正常使用，从而需要使用替代性交通工具（如公共交通、出租车等）上下班，由此产生的合理费用，理论上应由责任方承担。

2. 合理性与必要性：

   • 合理性：上下班交通费需是合理且必要的。例如，如果原本使用私家车上下班，因事故导致车辆无法使用，转而乘坐公共交通或出租车，由此产生的费用可视为合理。
   • 必要性：需证明使用替代性交通工具是必要的。例如，如果工作地点偏远，没有公共交通可达，或者公共交通无法满足上下班时间要求，那么使用出租车等替代性交通工具可能是必要的。

3. 对方不是车主的情况：

   • 即使对方不是车主，只要他是事故的责任方（如驾驶员），就有义务承担因事故导致的合理损失。车主的责任主要限于车辆管理、保险购买等方面，除非车主对事故的发生有过错（如车辆存在安全隐患、未购买保险等），否则一般不直接承担赔偿责任。

4. 诉讼与赔偿：

   • 如果与责任方无法就赔偿事宜达成一致，你可以通过法律途径起诉要求赔偿。在诉讼过程中，你需要提供证据证明上下班交通费的合理性与必要性，如交通票据、工作证明、车辆维修证明等。

建议：

• 收集证据：在事故发生后，及时收集与上下班交通费相关的证据，如交通票据、工作证明、车辆维修证明等。
• 协商与调解：首先尝试与责任方进行协商或调解，看是否能达成赔偿协议。
• 法律途径：如果协商或调解无果，可以考虑通过法律途径起诉要求赔偿。在起诉前，建议咨询专业律师以了解具体的法律程序和策略。

后续思考：

• 在处理此类事故时，除了关注上下班交通费的赔偿外，还应考虑其他可能的损失，如车辆维修费、医疗费、误工费等。
• 如果事故涉及多方责任或复杂情况，建议及时咨询专业律师以获取更全面的法律建议和支持。

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