土地收购合同的签订主体需根据具体情况判断，通常由土地储备机构签订，但特定情形下可能由自然资源局直接签订。具体分析如下：

1. 常规情形：土地储备机构签订
   根据《土地储备管理办法》相关规定，土地储备机构是专门负责土地收购、储备和前期开发等工作的独立法人机构。在大多数土地收购项目中，土地储备机构作为收购方，与被收购方（如土地使用权人）直接签订《土地收购合同》，明确收购范围、补偿标准、交付条件等核心条款。例如，城市更新中存量土地的收购，通常由土地储备中心具体实施。

2. 特殊情形：自然资源局直接签订
   若土地收购涉及政府直接征收、收回土地使用权（如因公共利益需要提前收回土地），或属于自然资源局直接主导的重大项目（如国家储备用地、跨区域土地整合等），则可能由自然资源局作为行政主体签订合同。此时合同性质可能兼具行政协议属性，需遵循《行政协议司法解释》等特别规定。例如，某市为建设高铁站需收回周边土地，可能由自然资源局直接与权利人签约。

3. 实务建议

   • 核查主体资格：签约前需确认对方是否具有独立法人资格（土地储备机构通常为事业单位或国企），避免因主体不适格导致合同无效。
     
   • 区分合同性质：若合同涉及行政权力行使（如强制收回），可能属于行政协议，争议解决方式与民事合同不同（需通过行政诉讼途径）。
     
   • 关注地方规定：部分地区可能通过地方性法规明确签约主体，例如某省《土地储备条例》可能规定“市级土地收购由市自然资源局委托储备中心实施”。

如需进一步分析具体合同条款或地方政策，可直接向我咨询。