是的，民事诉讼案由中确实包括排除妨碍。以下是对这一问题的详细解释：

一、排除妨碍作为民事诉讼案由的法律依据

在民事诉讼中，案由是诉讼案件的名称，它反映了案件所涉及的法律关系和争议焦点。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，排除妨碍是物权保护的一种方式，当物权的圆满状态受到他人不法妨害时，物权人可以请求妨害人为一定行为或不为一定行为，以恢复物权的圆满状态。这种请求权在民事诉讼中就体现为排除妨碍之诉。

二、排除妨碍的适用情形

排除妨碍通常适用于以下情形：

1. 不动产相邻关系中的妨碍：如邻居之间的排水、通行、采光等相邻关系受到妨碍时，受妨碍方可以请求排除妨碍。
2. 物权受到直接侵害时的妨碍：如他人的建筑物、构筑物或其他设施侵占了物权人的土地或空间，物权人可以请求排除妨碍。
3. 其他妨碍物权行使的情形：如他人非法占用物权人的财产、阻止物权人行使权利等，物权人也可以请求排除妨碍。

三、排除妨碍的诉讼程序

当物权人认为其物权受到妨碍时，可以向人民法院提起排除妨碍之诉。在诉讼过程中，物权人需要提供证据证明其物权受到妨碍的事实以及妨碍的具体情形。人民法院在审理案件时，会依法查明事实，判断是否存在妨碍物权行使的情形，并作出相应的判决。如果判决支持物权人的请求，妨害方就需要承担排除妨碍的责任，如拆除违法建筑、恢复土地原状等。

四、实际案例与法律建议

实际案例：假设甲拥有一块土地，乙在甲的土地上非法建造了一座房屋，严重影响了甲对土地的使用和收益。在这种情况下，甲就可以向人民法院提起排除妨碍之诉，请求乙拆除违法建筑，恢复土地原状。

法律建议：

1. 及时收集证据：在发现物权受到妨碍时，物权人应及时收集相关证据，如照片、视频、证人证言等，以证明妨碍事实的存在。
2. 咨询专业律师：由于排除妨碍之诉涉及复杂的法律关系和证据规则，物权人在提起诉讼前最好咨询专业律师的意见，以确保诉讼的顺利进行。
3. 依法行使权利：在诉讼过程中，物权人应依法行使自己的权利，如申请证据保全、申请先予执行等，以维护自己的合法权益。

如果您在排除妨碍方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。