企业一年只发12个月工资，在一般情况下是合法的。不过，这个问题还需要从多个角度进行详细分析，以确保全面理解并给出准确的法律建议。

1. 基本工资发放制度

在大多数情况下，企业按照月度发放工资，即一年发放12个月工资，是符合我国劳动法律法规的。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“按月支付”通常被理解为按照自然月发放工资，因此一年发放12个月工资是合法的。

2. 特殊情况下的工资发放

• 年薪制：在某些情况下，企业可能采用年薪制，即按照年度支付工资。这种情况下，虽然工资不是按月发放，但只要企业与劳动者在劳动合同中明确约定了年薪的支付方式、时间和金额，且不违反法律法规的强制性规定，也是合法的。不过，年薪制下，企业通常也会按月预支部分工资，以确保劳动者的基本生活需求。
• 加班工资与奖金：除了基本工资外，劳动者还可能享有加班工资、奖金等额外收入。这些收入通常根据劳动者的工作表现、加班情况等因素确定，并可能按照季度、年度等周期发放。但这并不影响基本工资按月发放的合法性。

3. 劳动合同与规章制度

• 劳动合同约定：企业与劳动者在劳动合同中应当明确约定工资的支付方式、时间和金额。只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，且双方自愿达成，就是有效的。因此，如果劳动合同中明确约定了一年发放12个月工资，那么这种做法就是合法的。
• 规章制度规定：企业还可以通过制定规章制度来规定工资的支付方式。但同样，这些规章制度必须符合法律法规的强制性规定，且经过民主程序制定并公示或告知劳动者，才能对劳动者产生约束力。

4. 法律建议与风险提示

• 审查劳动合同：作为劳动者，应当仔细审查劳动合同中关于工资支付的条款，确保自己的权益得到保障。如果发现合同中有不合法或不合理的条款，应当及时与企业协商修改。
• 保留证据：在工资发放过程中，劳动者应当保留好相关的证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在发生劳动纠纷时将起到至关重要的作用。
• 及时维权：如果企业存在克扣或无故拖欠工资的行为，劳动者应当及时向企业提出异议，并保留好相关证据。如果企业拒不改正，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，企业一年只发12个月工资在一般情况下是合法的。但具体是否合法还需根据劳动合同的约定、企业的规章制度以及相关法律法规的规定来判断。如果您在工资发放方面遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出专业的法律建议。