公司车辆被侵占发生事故，且道路运输证已过期的情况下，公司可能要承担的责任主要包括民事赔偿责任、行政责任，甚至可能涉及刑事责任（视具体情况而定）。以下是对这些责任的详细分析：

1. 民事赔偿责任：

   • 车辆管理责任：公司作为车辆的所有者或管理者，对车辆负有妥善管理的义务。如果车辆被侵占，公司可能因管理不善而承担一定的责任。但具体责任大小需根据侵占的具体情况、公司是否尽到了合理的管理义务等因素来判断。
   • 事故责任：在事故中，如果公司车辆被侵占后发生事故，且事故责任被认定在车辆一方（无论是由侵占者驾驶还是其他原因），公司作为车辆所有者或管理者，在民事赔偿上可能难以完全免责。特别是如果侵占者无力赔偿或逃逸，受害者可能会向公司主张赔偿。
   • 道路运输证过期的影响：道路运输证过期可能意味着车辆不具备合法的运营资格。在事故赔偿中，这可能成为对方主张公司存在过错的一个理由，从而影响赔偿责任的划分。但具体影响需根据事故的具体情况、相关法律法规以及法院的判决来确定。

2. 行政责任：

   • 道路运输证过期的处罚：根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，道路运输证过期属于违法行为，公司可能面临交通管理部门的行政处罚，如罚款、扣留车辆等。
   • 车辆被侵占的报告义务：如果公司发现车辆被侵占，应及时向公安机关报案。如果公司未履行报告义务，也可能面临一定的行政责任。

3. 刑事责任（视具体情况而定）：

   • 如果侵占行为构成犯罪：如盗窃罪、抢劫罪等，侵占者将承担刑事责任。公司作为车辆所有者或管理者，本身不直接因侵占行为承担刑事责任，但如果公司员工或相关人员参与或协助侵占行为，则可能涉及共犯问题。
   • 如果事故涉及重大责任事故罪等：如果事故是由于公司车辆管理严重疏忽、道路运输证过期且未采取必要措施等导致的，且事故后果严重，公司相关责任人员可能面临重大责任事故罪等刑事责任的追究。但这种情况较为罕见，需根据具体案情和法律法规来判断。

建议：

• 立即报案：公司发现车辆被侵占后，应立即向公安机关报案，并配合调查。
• 积极应对事故赔偿：如果事故已经发生，公司应积极与受害者协商赔偿事宜，或通过法律途径解决赔偿纠纷。
• 加强车辆管理：公司应加强对车辆的管理，确保车辆具备合法的运营资格，并定期进行安全检查和维护。
• 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议公司咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律咨询，请直接向我提问。