用人单位以员工自离为由不发工资的行为不合理且不合法。以下从不同角度进行分析：

1. 法律层面
   根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位必须一次性付清劳动者工资。即使员工未提前通知即离职（自离），用人单位仍需支付其实际工作期间的劳动报酬。若用人单位扣发工资，劳动者可通过劳动监察投诉或申请劳动仲裁主张权益。

2. 自离的合法性边界
   员工自离可能涉及违反《劳动合同法》第三十七条（需提前30日书面通知，试用期提前3日），但此规定仅赋予用人单位追究违约责任的权利（如要求赔偿因未提前通知导致的损失），不构成扣发工资的合法理由。用人单位若主张损失赔偿，需举证实际损失金额，且赔偿额不得超过当月工资的20%。

3. 实务操作建议

   • 劳动者：保留考勤记录、工资条、劳动合同等证据，先与用人单位协商；协商不成可向当地劳动监察大队投诉（时效2年），或直接申请劳动仲裁（需在离职后1年内提出）。
     
   • 用人单位：若员工自离造成损失，应通过合法途径主张赔偿，而非直接扣发工资，否则可能面临行政处罚（如责令支付工资、加付赔偿金）及劳动者主张的额外经济补偿。

总结：自离不影响劳动者获得已付出劳动的报酬权，用人单位扣发工资缺乏法律依据。双方均需通过合法途径解决争议，避免扩大损失。如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。