农村自留地的使用权能否通过遗产协议书指定由孝养父母的一方继承，需分情况讨论，核心结论如下：
自留地使用权的法律性质决定继承可能性
根据《土地管理法》第九条及《农村土地承包法》第三条，农村自留地属于农民集体所有，农户仅享有承包经营权（使用权），该权利不属于个人遗产范畴，因此不能通过遗嘱或协议直接“继承”。但若自留地已随宅基地上的房屋一并被纳入遗产范围（如房屋与自留地使用紧密关联），可能间接涉及使用权处置。
“孝养父母”条款的效力需结合协议性质判断
- 若协议为家庭内部赡养协议：根据《民法典》第一千一百四十四条，遗嘱可附义务（如“继承财产需履行赡养义务”），但此义务仅针对法定继承人。若自留地使用权无法继承，则协议中“指定一方继承使用权”的条款可能因标的违法而无效，但“孝养父母”的赡养约定本身仍有效，未履行赡养义务的一方可能需承担违约责任。
- 若协议为赠与或分家协议：若父母在生前通过协议将自留地使用权赠与某一子女（需经村集体同意），并附加“孝养”条件，该协议可能因违反《农村土地承包法》中“土地承包经营权流转需遵循法定程序”的规定而被认定部分无效，但“孝养”条款仍可作为道德约束或另行主张的依据。
实务建议：通过合法方式实现权益保障
- 明确自留地使用权的归属：若父母仍健在，可通过与村集体协商，将自留地承包经营权流转至孝养子女名下（需符合“家庭承包”或“其他方式承包”的法定条件）。
- 以赡养协议替代继承条款：父母可与子女签订书面赡养协议，约定由某一子女负责赡养，并明确其他子女放弃自留地相关权益（如收益分配权），同时报村集体备案以增强效力。
- 留存赡养证据：无论协议如何约定，孝养子女应保留赡养支出凭证（如医疗费、生活费发票）、证人证言等，以备未来权益争议时举证。
总结：农村自留地使用权因法律性质特殊，无法直接通过遗产协议书指定继承，但可通过赡养协议、流转程序等合法方式间接实现权益倾斜。具体操作需结合当地政策及村集体意见，建议进一步沟通细节后制定方案。