有病单位不批假当旷工是否违法，需结合具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、员工已按规定履行请假手续且病假证明有效

1. 员工权益：员工因病不能上班时，有权向公司请病假，这是受法律保护的合法权益。根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按规定支付病假工资或疾病救济费。
2. 单位行为：如果员工已经按照公司规章制度的要求，及时提交了合理的请假申请，并提供了充分的证明材料（如正规医院出具的诊断证明、病历、病假条等），足以证明其生病需要休息治疗，那么公司无正当理由不批准病假是不合法的。
3. 旷工认定：在这种情况下，员工按照医生建议休息而未上班，不应被认定为旷工。因为员工已经尽到了告知和申请的义务，是公司的不当处理导致了员工的缺勤。

二、员工未按规定履行请假手续或病假证明存在问题

1. 员工行为：若员工没有按照公司规章制度的要求履行请假手续，比如未提前申请、未提交符合要求的病假证明等，或者未能提供足以证明其生病需要请假的相关材料，公司不批准请假并将员工未上班认定为旷工，这种做法通常是合法的。
2. 单位权益：公司为了保证正常的生产经营秩序，会制定合理的请假制度，要求员工提前申请并提供相应证明。员工不遵守这些规定，公司有权根据规章制度进行处理。但公司的规章制度本身需要符合法律规定，并且要经过民主程序制定和公示。

三、特殊情况处理

1. 紧急就医情况：若员工因突发疾病无法及时提交病假条，应及时通知单位并说明情况。事后应尽快补交病假证明，以避免被认定为旷工。
2. 单位规章制度：部分单位可能在规章制度中明确规定了病假申请的流程和审批权限。劳动者应遵守单位规章制度，按流程申请病假。如果单位规章制度中关于病假审批的条款明显不合理或违法，如要求员工提前过长时间申请病假，单位据此认定员工旷工则是错误的。

四、争议解决途径

如果员工认为公司将其认定为旷工的行为不合法，可以先与公司进行沟通协商，争取妥善解决。若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。通过法律途径解决争议是保障双方权益的有效方式。

总结与建议：在处理员工生病请假与旷工问题时，应综合考虑员工是否按规定提交申请材料、公司是否合理审批以及双方是否遵循法律法规和公司规章制度等因素。作为员工，要了解自己的合法权益，按照公司规定履行请假手续；作为公司，要遵守相关法律法规和劳动合同的规定，合理处理员工的病假申请和出勤问题。如果双方存在争议，可以通过沟通协商、法律途径等方式解决。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。