在法院阶段，对于二级轻伤案件，被告确实有权对原告的伤情鉴定提出异议并要求进行二次鉴定，但这一权利的行使并非无条件的，需要符合一定的法律程序和规定。
首先，被告要求二次鉴定，通常需要基于合理的理由，比如认为初次鉴定存在程序违法、鉴定机构或鉴定人不具备相应资质、鉴定意见明显依据不足等情形。在这种情况下，被告可以向法院提出申请，请求法院委托其他有资质的鉴定机构进行重新鉴定。
如果法院认为被告的申请有合理依据，会依法启动重新鉴定程序。然而，如果原告拒绝配合进行二次鉴定，这确实会给案件的审理带来一定的困难。根据目前的法律规定，法院不能强制原告进行鉴定，因为鉴定需要当事人的自愿配合。
面对这种情况，法院可能会采取以下措施之一：
推定不利后果：如果原告拒绝配合重新鉴定，且其初次鉴定结论存在疑点，法院可能会根据相关法律规定，推定原告的伤残鉴定不成立，或者由原告承担举证不能的法律后果。这是为了促使当事人积极配合鉴定，确保案件事实的查明。
书面审查：法院也可以将被鉴定人的病历以及先前的鉴定结论一同送往专门的鉴定机构作书面审查，由鉴定机构根据现有材料重新作出鉴定结论。这一结论将作为审判案件的依据。
考虑其他证据：除了鉴定结论外，法院还会综合考虑案件中的其他证据，如证人证言、医疗记录、现场勘查笔录等，以形成对案件事实的全面认识。
如果原告坚持拒绝配合重新鉴定，且没有其他充分证据支持其主张，那么法院在裁判时可能会对其主张持谨慎态度，甚至可能不予采纳。这强调了证据在诉讼中的重要性，以及当事人配合鉴定的义务。
总的来说，虽然被告有权要求二次鉴定，但原告的配合也是必不可少的。如果原告拒绝配合，法院会依法采取相应措施，以确保案件的公正审理。同时，也建议当事人在诉讼过程中积极配合法院和鉴定机构的工作，以维护自身合法权益和诉讼的顺利进行。