结论：公司跨市合并时，若员工不愿意前往新公司，通常有权获得经济补偿，但具体是否获得赔偿以及赔偿的数额和方式，取决于劳动合同的变更情况、员工离职的具体原因以及双方的协商结果。以下是对这一问题的详细分析：
一、劳动合同继续有效原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条的规定，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。这意味着，在一般情况下，员工的劳动合同会由新公司承继，员工应到新公司工作。然而，如果新公司的工作地点、工作岗位、薪资待遇等劳动合同主要内容发生了变更，且员工不同意这些变更，那么情况就会有所不同。
二、劳动合同变更与赔偿
变更主要内容：如果新公司要求变更劳动合同的主要内容，如工作地点（跨市搬迁）、工作岗位、薪资待遇等，并且员工不同意这些变更，导致劳动合同无法继续履行，那么根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条和第四十六条的规定，用人单位应当支付经济补偿。
经济补偿的计算方式：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
最高限额：如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
未变更但条件变差：即使新公司未明确提出变更劳动合同，但如果实际工作条件相较于原公司明显变差，且这种变化足以影响员工的权益，员工因此不愿意去新公司并导致劳动合同解除的，用人单位同样可能需要支付经济补偿。
三、员工主动离职的情况
个人原因离职：如果新公司维持或提高了劳动合同约定的条件，员工却因个人原因（如个人喜好、家庭因素等）不愿意去新公司，并主动提出离职，那么用人单位通常无需支付经济补偿。
法定离职原因：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同，并有权要求经济补偿：
如果员工是因为上述法定离职原因而离职，即使是在公司合并的背景下，用人单位依然需要支付经济补偿。
四、协商与法律建议
在面对公司跨市合并导致的劳动合同变更或解除问题时，员工应首先尝试与公司进行协商，以寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，员工可以：
总结：公司跨市合并时，员工不愿意前往新公司是否有赔偿，取决于劳动合同的变更情况、员工离职的具体原因以及双方的协商结果。在涉及此类问题时，建议员工先与公司进行沟通协商，并在必要时咨询专业律师以维护自己的合法权益。