公司不允许员工补休是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否遵守了相关法律法规并保障了员工的休息权。 以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第三十八条规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。这是劳动者休息权的基本保障。
- 第四十一条规定，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，必须与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊情况下延长工作时间每日不得超过三小时，但每月不得超过三十六小时。这限制了加班的时间，并强调了与劳动者的协商。
- 第四十四条规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这明确了在无法安排补休时，用人单位应支付加班费。
《国务院关于职工工作时间的规定》：
- 第三条规定，职工每日工作8小时，每周工作40小时。这是标准工时制度的基本要求。
- 第五条规定，因工作性质或者生产特点的限制，不能实行每日工作8小时、每周工作40小时标准工时制度的，按照国家有关规定，可以实行其他工作和休息办法。这为特殊工时制度提供了法律依据。
二、公司不允许补休的合法性分析
标准工时制度下：
- 如果公司实行标准工时制度，且员工在休息日工作，公司应安排补休或支付加班费。若公司不允许补休且未支付加班费，则构成违法行为。
特殊工时制度下：
- 对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制等特殊工时制度。
- 在这些制度下，若公司按规定保障员工权益，如通过合理安排工作时间和休息时间，确保员工每周至少休息一天，且总工作时间不超过法定标准，则不允许补休可能具有合理性。但即便如此，若员工在休息日工作且无法安排补休，公司仍需支付加班费。
劳动合同和规章制度：
- 如果劳动合同中明确约定了补休制度，公司应按照合同约定执行。若公司单方面改变补休制度且未与员工协商一致，则可能构成违约行为。
- 公司规章制度不得违反法律法规，若规章制度中禁止补休且无合理解释或依据，则为不合理且无效。
三、员工权益保护与维权途径
员工权益：
- 员工享有合法的休息时间，包括周末休息和年休假等。公司规定若侵犯员工休息权，员工有权维护自身权益。
维权途径：
- 首先与公司沟通协商，寻求解决方案。如要求公司安排补休或支付加班费。
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工情况进行监督检查，并依法给予警告、罚款等处罚；劳动仲裁机构则可对纠纷进行裁决。
- 在必要时，员工可依法提起诉讼，维护自己的合法权益。
四、综合建议
公司角度：
- 公司应确保补休制度符合法律法规要求，尊重员工休息权。
- 在制定规章制度时，应充分考虑员工利益，通过民主程序与员工充分沟通，以达成双方都能接受的合理安排。
员工角度：
- 员工应了解自己的权益和法律法规规定，积极维护自己的休息权利。
- 在遇到公司不允许补休等违法行为时，应及时通过合法途径维权。
综上所述，公司不允许员工补休是否合法需根据具体情况判断。若公司违反法律法规或劳动合同约定侵犯员工休息权，员工有权通过合法途径维权。 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。