结论：在司法确认后申请强制执行且执行完毕的情况下，若被告有异议，其可以通过提出书面异议、申请复议或向检察院申诉等途径来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：
一、提出书面异议
适用情形：
- 被告认为执行行为违反法律规定，例如超标的查封财产、违反法定程序进行拍卖等，可以在执行程序终结之前向负责执行的人民法院提出书面异议。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十六条及相关规定，被告有权向负责执行的人民法院提出书面异议。
提出方式与内容：
- 异议申请应以书面形式提出，明确具体的异议请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
二、法院审查与处理
审查期限：
- 人民法院应当自收到书面异议之日起十五日内进行审查。
裁定结果：
- 若法院认为异议成立，会裁定撤销或改正执行行为；若认为异议不成立，则裁定驳回。
后续处理：
- 被告对裁定不服的，可以在裁定送达之日起十日内向上一级人民法院申请复议。
三、申请复议
适用情形：
- 被告对法院驳回异议的裁定不服，认为法院的执行行为仍然存在违法或侵害其合法权益的情况。
申请方式与期限：
- 被告应在裁定送达之日起十日内向上一级人民法院申请复议，提交复议申请书，并附上相关证据材料。
复议结果：
- 上一级人民法院将对复议申请进行审查，并作出相应的裁定。
四、向检察院申诉
适用情形：
- 如果被告认为法院的执行行为严重违法或侵害了自身权益，且对法院的裁定和复议结果均不服，可以向同级检察院提出申诉。
申诉方式与内容：
- 被告应向检察院提交申诉书，明确申诉请求、事实和理由，并附上相关证据材料。
检察院处理：
- 检察院将对申诉进行审查，并根据情况决定是否对法院的执行行为进行监督。
五、注意事项
严格遵守时间节点：
- 被告在提出异议、申请复议或向检察院申诉时，应严格遵守相关的时间限制，确保在规定期限内提出。
准备充分证据：
- 在提出异议、复议或申诉时，被告应尽可能提供详细的理由和充分的证据来支持自己的主张。
积极配合法院与检察院工作：
- 在异议、复议或申诉的审查过程中，被告应积极配合法院与检察院的工作，及时提供所需的材料和信息。
建议：若被告在司法确认后申请强制执行且执行完毕的情况下有异议，建议其首先咨询专业律师，了解具体的法律程序和自身权益，再根据律师的建议选择合适的途径来维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。