司法确认案件执行完毕后被告有意见，被告可通过提出执行异议、申请再审或另行起诉等途径来维护自身权益。具体分析如下：
提出执行异议：
- 如果被告认为执行行为违反了法律规定，比如执行程序不合法、执行标的错误等，可以在执行过程中或执行完毕后的一定期限内（通常是执行程序终结前，但特定情形下执行完毕后也可提出），向执行法院提出书面异议。
- 法院会审查异议理由，如果认为异议成立，会裁定中止执行或撤销执行行为；如果认为异议不成立，会裁定驳回。被告对裁定不服的，还可以在规定期限内向上一级法院申请复议。
申请再审：
- 如果被告认为原司法确认裁定存在错误，比如调解协议内容违法、调解协议不是双方真实意思表示等，可以在知道或应当知道裁定错误之日起六个月内向作出裁定的法院申请再审。
- 法院会审查再审申请，如果认为符合再审条件，会裁定再审，并中止原裁定的执行；如果认为不符合再审条件，会裁定驳回再审申请。
另行起诉：
- 如果被告认为执行依据（即司法确认裁定）所涉及的实体权利义务关系存在争议，且该争议不属于执行程序能够解决的范畴，比如认为调解协议存在欺诈、胁迫等情形，被告可以在执行完毕后另行向法院提起诉讼，请求撤销调解协议或确认其无效。
- 法院会依法审理该诉讼，并根据审理结果作出判决。如果判决支持被告的诉讼请求，被告可以依据该判决向执行法院申请执行回转，即要求返还因执行而获得的财产或恢复原状。
额外建议：
- 及时咨询专业律师：由于法律程序复杂且专业性强，被告在提出异议、申请再审或另行起诉前，最好先咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果，以便做出更明智的决策。
- 保留相关证据：被告在提出异议、申请再审或另行起诉时，需要提供相关证据来支持自己的主张。因此，被告应妥善保留与案件相关的所有证据，包括调解协议、执行裁定书、执行过程中的相关文件等。
在处理这类问题时，被告应保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。