非法改造残疾人摩托车的行为，主要归市场监督管理部门和公安机关交通管理部门管理，具体依据改造的性质和后果来判定管理主体。以下是详细分析：
市场监督管理部门：
- 如果非法改造行为主要涉及摩托车本身的机械结构、性能参数等方面的改动，且这些改动未经过相关认证或批准，那么这种行为可能构成对产品质量、安全标准的违反。在此情况下，市场监督管理部门有权对此类行为进行监管和处罚，依据包括但不限于《中华人民共和国产品质量法》、《中华人民共和国标准化法》等相关法律法规。
公安机关交通管理部门：
- 如果非法改造行为导致摩托车不符合道路交通安全法规的要求，例如改变了车辆的外形尺寸、增加了不必要的装置等，影响了车辆的安全性能或行驶稳定性，那么这种行为就可能构成对道路交通安全法规的违反。公安机关交通管理部门有权对此类行为进行查处，包括扣留车辆、罚款、甚至吊销驾驶证等处罚措施，依据主要是《中华人民共和国道路交通安全法》及其相关实施条例。
额外提醒：
- 残疾人摩托车作为特定群体的交通工具，其设计和使用都应遵循严格的安全标准和法规要求。非法改造不仅可能危及驾驶者自身的安全，还可能对其他道路使用者构成威胁。
- 如果发现有人非法改造残疾人摩托车，建议及时向当地的市场监督管理部门或公安机关交通管理部门举报，以维护公共安全和交通秩序。
建议行动：
- 如果您或您身边的人遇到了非法改造残疾人摩托车的情况，或者对此类行为有进一步的疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。