结论：只有保证金转账记录，未履行合同且已过三年的情况下，能否起诉回来取决于多个因素，包括诉讼时效是否已过、合同的具体内容、转账记录的性质以及是否存在诉讼时效中断或中止的情形等。以下是对这些因素的详细分析：
一、诉讼时效问题
一般规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
诉讼时效的起算点：
- 在合同纠纷中，诉讼时效通常从合同约定的履行期限届满之日起计算。如果合同未约定履行期限，则从债权人要求债务人履行义务的宽限期届满之日起计算，或者从债务人明确表示不履行义务之日起计算。
诉讼时效的中断与中止：
- 中断：在诉讼时效期间内，如果债权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务或者债权人提起诉讼或申请仲裁等，诉讼时效会中断，并从中断时起重新计算。
- 中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
您的具体情况：
- 如果从合同约定的履行期限届满之日起已经超过三年，且没有诉讼时效中断或中止的情形，那么您的诉讼时效可能已经届满。但是，如果存在中断或中止的情形，或者您能够证明在诉讼时效期间内曾向对方主张过权利，那么诉讼时效可能并未届满。
二、合同内容与转账记录的性质
合同内容：
- 合同的具体内容对于确定双方的权利义务以及违约责任至关重要。如果合同中明确约定了保证金的性质、用途以及返还条件等，那么这些条款将作为判断您能否起诉回来的重要依据。
转账记录的性质：
- 转账记录只能证明您曾向对方支付过一定金额的款项，但并不能直接证明这笔款项就是保证金，也不能证明对方有返还的义务。因此，您需要结合合同的其他条款以及双方的实际履行情况来综合判断。
三、法律建议
收集证据：
- 除了转账记录外，您还应尽可能收集其他与合同履行相关的证据，如合同文本、通信记录、聊天记录、证人证言等，以证明您的主张。
咨询专业律师：
- 由于合同纠纷涉及的法律问题较为复杂，且每个案件的具体情况都不尽相同，因此我建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据您的具体情况和提供的证据，为您分析诉讼时效是否已过、合同的具体内容以及转账记录的性质等问题，并帮助您制定合适的诉讼策略。
考虑其他解决方式：
- 如果诉讼时效已经届满或者起诉回来的难度较大，您还可以考虑与对方进行协商和解或者通过调解、仲裁等其他方式解决纠纷。
最后，我理解您可能对此事感到焦虑和困惑，但请放心，我会尽我所能为您提供专业的法律帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。