农民工工资保证金通常在工程完工且不存在拖欠农民工工资问题，或者满足其他法定退还条件时，由相关部门退还给总包单位。具体分析如下：
正常情况下的退还：
- 根据相关规定，工程完工后，总包单位在施工现场维权信息告示牌及所在地住建部门门户网站上，将工程竣工且不拖欠农民工工资的情况公示30日。
- 公示期满后，若未发现拖欠农民工工资行为，或者发现的拖欠农民工工资行为已在公示期内完成清偿，总包单位可以向项目所在地的人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门提出退还工资保证金的申请。
- 相关部门在收到申请后，会在规定时间内（如3个工作日内）审查材料，并实地检查。若符合退还条件，将出具《农民工工资保证金退还意见书》，由银行退还工资保证金本金及利息。
特殊情况下的退还：
- 如果工程因故终止或无法继续施工，总包单位在与建设单位妥善处理善后事宜并结清无异议的农民工工资后，也可以向相关部门申请退还工资保证金。
- 在某些地区或特定情况下，如果总包单位在施工过程中一直严格遵守农民工工资支付规定，未出现拖欠工资行为，相关部门也可能根据实际情况提前退还部分或全部工资保证金。
退还过程中的注意事项：
- 总包单位在申请退还工资保证金时，需要提交一系列材料，如退还申请书、公示结果报告、无拖欠农民工工资承诺书等。
- 相关部门在审查申请时，会严格核实总包单位的工资支付情况，确保不存在拖欠农民工工资的问题。
- 如果总包单位在申请退还过程中存在隐瞒、谎报等情况，相关部门将依法追究其责任，并可能不予退还工资保证金。